More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1959 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 234 aa  457  9.999999999999999e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  53.33 
 
 		 241 aa  208  5e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.98 
 
 		 232 aa  202  3e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.42 
 
 		 260 aa  189  4e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.09 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  39.46 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.46 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2934  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.72 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334283 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24500  hypothetical protein  41.45 
 
 		 150 aa  107  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.52 
 
 		 318 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.02 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  39.02 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.02 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  39.02 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.44 
 
 		 319 aa  97.1  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  36.1 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  36.1 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  36.1 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.14 
 
 		 242 aa  96.3  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2054  transcriptional regulator protein-like protein  44.64 
 
 		 258 aa  95.9  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0485994  normal  0.848173 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.05 
 
 		 228 aa  95.5  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.05 
 
 		 228 aa  95.5  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.91 
 
 		 237 aa  95.1  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 318 aa  95.1  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.32 
 
 		 320 aa  94.4  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.14 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.84 
 
 		 324 aa  94  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.44 
 
 		 318 aa  93.6  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 317 aa  92.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37 
 
 		 332 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38 
 
 		 317 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 337 aa  92.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.96 
 
 		 329 aa  92  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.9 
 
 		 327 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.57 
 
 		 227 aa  91.7  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.8 
 
 		 245 aa  91.7  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.84 
 
 		 313 aa  90.9  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.84 
 
 		 230 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.43 
 
 		 335 aa  90.9  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.45 
 
 		 235 aa  90.9  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.4 
 
 		 325 aa  90.1  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.81 
 
 		 324 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.79 
 
 		 334 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.82 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  37.3 
 
 		 317 aa  89.7  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.3 
 
 		 317 aa  89.7  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.7 
 
 		 317 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30 
 
 		 313 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.19 
 
 		 316 aa  89.4  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.71 
 
 		 327 aa  89.7  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.76 
 
 		 230 aa  89.7  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.24 
 
 		 228 aa  89.4  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  39.02 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.13 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.06 
 
 		 319 aa  89  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  33.82 
 
 		 233 aa  88.6  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.16 
 
 		 239 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 		 315 aa  88.2  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.38 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.7 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  29.77 
 
 		 313 aa  87  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 333 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.04 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  36.57 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.56 
 
 		 313 aa  86.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.42 
 
 		 319 aa  86.7  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 233 aa  86.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.76 
 
 		 320 aa  86.3  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 322 aa  86.3  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.46 
 
 		 316 aa  85.9  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  38.05 
 
 		 228 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  38.05 
 
 		 228 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.82 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  38.05 
 
 		 228 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  38.05 
 
 		 228 aa  85.5  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.18 
 
 		 317 aa  85.5  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  31.78 
 
 		 313 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.61 
 
 		 317 aa  85.1  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  38.05 
 
 		 367 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  38.05 
 
 		 361 aa  85.1  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  38.05 
 
 		 339 aa  85.1  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.25 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  33.64 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  29.49 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.49 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  37.44 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1071  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.53 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.045266  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  33.66 
 
 		 332 aa  82.4  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.53 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.16 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  35.58 
 
 		 232 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  34.1 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.82 
 
 		 232 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  39.38 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.84 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  35.51 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>