128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2054 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2054  transcriptional regulator protein-like protein  100 
 
 		 258 aa  505  9.999999999999999e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0485994  normal  0.848173 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.37 
 
 		 234 aa  89.7  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.9 
 
 		 232 aa  88.6  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24500  hypothetical protein  37.24 
 
 		 150 aa  80.5  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  40.23 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.14 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.66 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  32 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  32 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.41 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.16 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.58 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  45.33 
 
 		 664 aa  58.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  45.07 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.81 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  31.55 
 
 		 341 aa  55.8  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  27.27 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  33.03 
 
 		 311 aa  54.7  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.34 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1288  hypothetical protein  33.33 
 
 		 327 aa  53.1  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.5828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  29.45 
 
 		 333 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.81 
 
 		 237 aa  53.1  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.93 
 
 		 326 aa  52.4  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7333  transcriptional regulator protein-like protein  35.29 
 
 		 168 aa  52.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 		 322 aa  52.4  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 318 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 317 aa  52  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2539  transcriptional regulator protein-like protein  33.1 
 
 		 163 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  34.75 
 
 		 324 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.47 
 
 		 313 aa  51.2  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2057  transcriptional regulator-like protein  33.14 
 
 		 320 aa  50.1  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090135  normal  0.188447 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4034  transcriptional regulator-like protein  32.09 
 
 		 322 aa  49.7  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4066  transcriptional regulator-like protein  32.84 
 
 		 322 aa  49.7  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2434  hypothetical protein  30.88 
 
 		 361 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.16 
 
 		 320 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2361  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.24 
 
 		 164 aa  48.9  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407136  normal  0.0484328 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  25.97 
 
 		 324 aa  48.9  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.65 
 
 		 224 aa  48.9  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  29.2 
 
 		 228 aa  48.9  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.26 
 
 		 324 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  37.04 
 
 		 316 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  29.41 
 
 		 663 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.4 
 
 		 229 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.81 
 
 		 321 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.48 
 
 		 316 aa  47.4  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  25.34 
 
 		 324 aa  47.4  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 322 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  28.95 
 
 		 351 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.2 
 
 		 322 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  29.05 
 
 		 233 aa  46.6  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3926  transcriptional regulator-like  30.6 
 
 		 323 aa  46.2  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.816323  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  33.33 
 
 		 325 aa  46.2  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.43 
 
 		 335 aa  46.2  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 360 aa  46.2  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  32.68 
 
 		 687 aa  46.2  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.99 
 
 		 327 aa  46.2  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2467  transcriptional regulator protein-like protein  27.66 
 
 		 326 aa  46.2  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0469709  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  29.08 
 
 		 229 aa  46.2  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  25.13 
 
 		 336 aa  45.8  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.32 
 
 		 315 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.91 
 
 		 324 aa  45.8  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3386  transcriptional regulator protein-like protein  30.51 
 
 		 164 aa  46.2  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0270371  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  30.87 
 
 		 230 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.87 
 
 		 230 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.65 
 
 		 319 aa  45.4  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  22.64 
 
 		 337 aa  45.4  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  26.51 
 
 		 320 aa  44.7  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  23.33 
 
 		 320 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.04 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  35.14 
 
 		 337 aa  44.7  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4016  transcriptional regulator-like protein  31.16 
 
 		 323 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.620781  normal  0.983747 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  22.73 
 
 		 314 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.97 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  23.33 
 
 		 320 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 		 298 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.28 
 
 		 314 aa  45.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.14 
 
 		 347 aa  44.7  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  23.33 
 
 		 320 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  29.09 
 
 		 233 aa  44.3  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.42 
 
 		 309 aa  43.9  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.86 
 
 		 322 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 337 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  40.35 
 
 		 252 aa  44.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  30.43 
 
 		 325 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  30.43 
 
 		 325 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  31.25 
 
 		 331 aa  43.9  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  30.43 
 
 		 325 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  43.4 
 
 		 316 aa  44.3  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.04 
 
 		 303 aa  43.9  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.16 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.58 
 
 		 313 aa  44.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5753  putative DeoR-family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 369 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46 
 
 		 229 aa  43.5  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  35.14 
 
 		 340 aa  43.9  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.43 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>