172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_18550 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  663    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1782  transcriptional regulator protein-like protein  54.22 
 
 		 334 aa  276  3e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00000339637  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1867  transcriptional regulator protein-like protein  51.82 
 
 		 328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0502476  normal  0.18034 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  44.25 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1288  hypothetical protein  40.31 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.5828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  38.41 
 
 		 344 aa  169  9e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5861  hypothetical protein  38.44 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  40.48 
 
 		 331 aa  159  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  37.54 
 
 		 321 aa  159  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  36.06 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  38.16 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  36.31 
 
 		 326 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  37.95 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  36.73 
 
 		 325 aa  152  8e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2317  transcriptional regulator-like protein  34.66 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143606  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  37.05 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  36.53 
 
 		 329 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  40.74 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4871  hypothetical protein  35.62 
 
 		 321 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0785474  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 675 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  33.74 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  33.74 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  35.46 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  34.26 
 
 		 325 aa  132  9e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  33.13 
 
 		 343 aa  129  6e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  34.63 
 
 		 683 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2651  hypothetical protein  36.59 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  31.71 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2467  transcriptional regulator protein-like protein  31.75 
 
 		 326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0469709  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3092  transcriptional regulator-like protein  31.08 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.295578  normal  0.213314 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  32.48 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  28.75 
 
 		 663 aa  109  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  27.42 
 
 		 663 aa  106  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  30.79 
 
 		 324 aa  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.7 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  29.57 
 
 		 664 aa  74.7  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  30.14 
 
 		 351 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  22.81 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.58 
 
 		 231 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.65 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  29.91 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.93 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.58 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  26.05 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.91 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  30.12 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.09 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.17 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.45 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.51 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  26.99 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  29.05 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  38.24 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  21.3 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.43 
 
 		 229 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.59 
 
 		 231 aa  55.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  27.71 
 
 		 231 aa  54.7  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.62 
 
 		 234 aa  55.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.61 
 
 		 321 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29 
 
 		 321 aa  54.7  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  26.29 
 
 		 229 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.19 
 
 		 320 aa  53.9  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  28.29 
 
 		 699 aa  53.9  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4034  transcriptional regulator-like protein  27.11 
 
 		 322 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  20.69 
 
 		 304 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.22 
 
 		 235 aa  53.5  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  26.03 
 
 		 230 aa  53.5  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.12 
 
 		 319 aa  53.5  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.43 
 
 		 233 aa  53.5  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.69 
 
 		 322 aa  53.5  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.12 
 
 		 344 aa  53.1  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.12 
 
 		 228 aa  53.1  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  21.94 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  24.47 
 
 		 687 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.42 
 
 		 336 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4066  transcriptional regulator-like protein  26.94 
 
 		 322 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.71 
 
 		 233 aa  51.6  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.77 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4016  transcriptional regulator-like protein  29.19 
 
 		 323 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.620781  normal  0.983747 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 322 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.94 
 
 		 332 aa  51.6  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.55 
 
 		 235 aa  50.8  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.2 
 
 		 317 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.09 
 
 		 232 aa  50.4  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.19 
 
 		 228 aa  50.1  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.02 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3926  transcriptional regulator-like  28.17 
 
 		 323 aa  50.1  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.816323  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.49 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.35 
 
 		 330 aa  50.1  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.82 
 
 		 233 aa  49.7  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 318 aa  49.7  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  27.85 
 
 		 228 aa  49.7  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0583  hypothetical protein  28.64 
 
 		 598 aa  49.3  0.00009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.692226  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  29.09 
 
 		 317 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  21.36 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.09 
 
 		 317 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.7 
 
 		 317 aa  48.9  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>