255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2609 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  626  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4871  hypothetical protein  71.43 
 
 		 321 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0785474  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  51.25 
 
 		 321 aa  291  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  51.06 
 
 		 344 aa  288  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5861  hypothetical protein  51.57 
 
 		 318 aa  271  2e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  51.26 
 
 		 329 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  47.63 
 
 		 326 aa  259  4e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  49.84 
 
 		 331 aa  258  7e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  48.48 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  48.12 
 
 		 323 aa  248  9e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  47.84 
 
 		 340 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  47.71 
 
 		 337 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2317  transcriptional regulator-like protein  45.96 
 
 		 327 aa  236  6e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143606  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  45.94 
 
 		 317 aa  231  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  42.86 
 
 		 331 aa  228  9e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  44.48 
 
 		 325 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  44.48 
 
 		 325 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  43.56 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  44.89 
 
 		 675 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3092  transcriptional regulator-like protein  44.41 
 
 		 328 aa  219  5e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.295578  normal  0.213314 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  41.52 
 
 		 343 aa  219  6e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  45.17 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2467  transcriptional regulator protein-like protein  39.18 
 
 		 326 aa  200  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0469709  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  41.37 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2651  hypothetical protein  41.96 
 
 		 330 aa  189  8e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  41.16 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  41.88 
 
 		 683 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  36.34 
 
 		 663 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  42.14 
 
 		 324 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  33.33 
 
 		 663 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  36.22 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1867  transcriptional regulator protein-like protein  40.26 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0502476  normal  0.18034 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1782  transcriptional regulator protein-like protein  39.03 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00000339637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  32.42 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1288  hypothetical protein  29.28 
 
 		 327 aa  96.3  7e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.5828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  31.53 
 
 		 699 aa  94  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  25.69 
 
 		 339 aa  93.2  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  33.12 
 
 		 364 aa  92.8  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  33.12 
 
 		 367 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  33.33 
 
 		 369 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5754  hypothetical protein  30.97 
 
 		 351 aa  90.1  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.79 
 
 		 336 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.2 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  25.53 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.53 
 
 		 347 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.84 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  29.74 
 
 		 664 aa  80.5  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.54 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  26.54 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  26.54 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  26.54 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.38 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  26.54 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.81 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  32.83 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.61 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.58 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.04 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  21.88 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  31.82 
 
 		 322 aa  72.4  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.89 
 
 		 323 aa  72.4  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  28.27 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  32.04 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.92 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  23.01 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 335 aa  69.3  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.89 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.52 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  30.66 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.19 
 
 		 327 aa  65.9  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.08 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  20.36 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.98 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0607  putative DeoR-family transcriptional regulator  32 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  26.51 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4034  transcriptional regulator-like protein  26.59 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.17 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.52 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.23 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3926  transcriptional regulator-like  26.19 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.816323  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1826  transcriptional regulator protein-like protein  31.38 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4066  transcriptional regulator-like protein  26.59 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.71 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.64 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.06 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.7 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  26.14 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  28.09 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.46 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  27.76 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.94 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>