126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1288 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1288  hypothetical protein  100 
 
 		 327 aa  651    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.5828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18550  predicted transcriptional regulator  41.25 
 
 		 341 aa  210  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110092  normal  0.0353921 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1867  transcriptional regulator protein-like protein  36.18 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0502476  normal  0.18034 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1782  transcriptional regulator protein-like protein  37.13 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00000339637  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  34.97 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2250  hypothetical protein  30.59 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0118565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  30.58 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2368  hypothetical protein  30.9 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2473  transcriptional regulator-like protein  30.65 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2518  transcriptional regulator-like protein  30.65 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  30.65 
 
 		 325 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  31.46 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1771  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 675 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.193993  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  31.23 
 
 		 344 aa  110  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5861  hypothetical protein  30.53 
 
 		 318 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3092  transcriptional regulator-like protein  29.81 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.295578  normal  0.213314 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  30.31 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4871  hypothetical protein  31.79 
 
 		 321 aa  104  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0785474  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2687  transcriptional regulator-like protein  30.49 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  29.6 
 
 		 325 aa  99  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2435  hypothetical protein  30.63 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  28.79 
 
 		 329 aa  94.7  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2651  hypothetical protein  32.41 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4455  hypothetical protein  30.22 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.495976  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1825  hypothetical protein  28.91 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12130  hypothetical protein  28.16 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0209407  normal  0.896855 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2181  transcriptional regulator-like protein  27.27 
 
 		 663 aa  92  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1924  transcriptional regulator-like protein  27.55 
 
 		 663 aa  90.5  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000155311 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1501  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 683 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.634725  decreased coverage  0.0000677289 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2467  transcriptional regulator protein-like protein  28.98 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0469709  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2958  hypothetical protein  32.43 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000014666  hitchhiker  0.00431859 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2317  transcriptional regulator-like protein  25.99 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000143606  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14000  predicted transcriptional regulator  30.73 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0168164  normal  0.101985 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  32 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  21.63 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  22.29 
 
 		 311 aa  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.01 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  24.13 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.2 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  27.63 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  21.71 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.45 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.85 
 
 		 230 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0624  transcriptional regulator-like protein  28.81 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.6 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 230 aa  57  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  23.48 
 
 		 687 aa  57  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0791  hypothetical protein  24.79 
 
 		 639 aa  56.2  0.0000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.654637 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  26.54 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 233 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  17.87 
 
 		 322 aa  55.5  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0583  hypothetical protein  30.05 
 
 		 598 aa  55.5  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.692226  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.77 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16040  predicted transcriptional regulator  25.18 
 
 		 664 aa  54.7  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.54 
 
 		 233 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.96 
 
 		 232 aa  53.5  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.9 
 
 		 321 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2054  transcriptional regulator protein-like protein  39.19 
 
 		 258 aa  53.1  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0485994  normal  0.848173 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  21.1 
 
 		 313 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.15 
 
 		 322 aa  52.4  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.89 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  21.69 
 
 		 313 aa  52.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 318 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  21.65 
 
 		 313 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.1 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11950  predicted transcriptional regulator  24.58 
 
 		 699 aa  52  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.308253  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.45 
 
 		 235 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.14 
 
 		 327 aa  51.2  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.22 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  20.38 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.56 
 
 		 315 aa  50.4  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3926  transcriptional regulator-like  30.86 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.816323  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0465  putative transcriptional regulator  23.73 
 
 		 637 aa  50.1  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.23 
 
 		 242 aa  49.7  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 231 aa  49.3  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1959  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.31 
 
 		 234 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0616  transcriptional regulator-like protein  27.84 
 
 		 369 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.501695  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4034  transcriptional regulator-like protein  29.63 
 
 		 322 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0608  transcriptional regulator-like protein  27.84 
 
 		 364 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.588838  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.54 
 
 		 315 aa  48.9  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.08 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0581  transcriptional regulator-like  28.18 
 
 		 367 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.96 
 
 		 233 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24500  hypothetical protein  29.73 
 
 		 150 aa  48.1  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.93 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.95 
 
 		 336 aa  47.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  27.15 
 
 		 245 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0615  putative DeoR-family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 334 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  24.2 
 
 		 229 aa  47  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4066  transcriptional regulator-like protein  28.65 
 
 		 322 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  39.13 
 
 		 230 aa  46.6  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  20.85 
 
 		 350 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  27.07 
 
 		 330 aa  46.6  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  34.92 
 
 		 238 aa  46.2  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.45 
 
 		 319 aa  46.2  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  21.13 
 
 		 339 aa  46.2  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.11 
 
 		 321 aa  45.8  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2539  transcriptional regulator protein-like protein  35.94 
 
 		 163 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>