More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3527 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
323 aa  654    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  85.98 
 
 
321 aa  567  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  67.7 
 
 
322 aa  454  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  68.01 
 
 
322 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  47.35 
 
 
324 aa  272  7e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.14 
 
 
319 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  42.15 
 
 
326 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  42.77 
 
 
326 aa  231  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.96 
 
 
330 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  33.97 
 
 
323 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  31.96 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  30.84 
 
 
323 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  28.48 
 
 
326 aa  109  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.17 
 
 
324 aa  109  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.25 
 
 
327 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  29.17 
 
 
336 aa  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  26.88 
 
 
330 aa  102  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.23 
 
 
327 aa  102  9e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.53 
 
 
339 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.17 
 
 
317 aa  99.4  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  26.69 
 
 
337 aa  99.4  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  28.25 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 
334 aa  95.5  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.49 
 
 
333 aa  94  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.9 
 
 
330 aa  93.2  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.9 
 
 
334 aa  92.4  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.49 
 
 
333 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.93 
 
 
334 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  26.97 
 
 
323 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  31.25 
 
 
229 aa  89  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.13 
 
 
336 aa  87  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.07 
 
 
319 aa  87  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  24.92 
 
 
324 aa  86.7  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.58 
 
 
347 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.19 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.36 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.68 
 
 
315 aa  83.2  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.08 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.39 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  25.16 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3146  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.78 
 
 
351 aa  81.6  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.75 
 
 
352 aa  81.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  25.71 
 
 
326 aa  80.1  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  25.85 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.59 
 
 
312 aa  77  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.86 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  31.56 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.61 
 
 
229 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.05 
 
 
333 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4566  transcriptional regulator protein-like protein  25.77 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.439608  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  32 
 
 
232 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.43 
 
 
230 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.57 
 
 
230 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2609  hypothetical protein  30.89 
 
 
325 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000144716  normal  0.0873123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.57 
 
 
230 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.57 
 
 
230 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.04 
 
 
233 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  29.2 
 
 
229 aa  70.9  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.62 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.38 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 
229 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.78 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.56 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.37 
 
 
237 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.22 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2250  putative transcriptional regulator protein  29.55 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.24 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4456  transcriptional regulator,-like protein  29.35 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.427678  normal  0.167477 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.77 
 
 
226 aa  66.6  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21970  predicted transcriptional regulator  31.17 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.375543 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.44 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  25.57 
 
 
323 aa  66.2  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.22 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.08 
 
 
303 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.49 
 
 
336 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3443  transcriptional regulator-like protein  30.77 
 
 
331 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1880  hypothetical protein  30.9 
 
 
344 aa  63.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.39 
 
 
231 aa  63.9  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2168  hypothetical protein  29.28 
 
 
324 aa  63.5  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0937011  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  27.14 
 
 
230 aa  63.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.78 
 
 
232 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.25 
 
 
230 aa  63.5  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  29.11 
 
 
237 aa  63.2  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  29.38 
 
 
687 aa  62.8  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  27.35 
 
 
230 aa  62  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1201  hypothetical protein  27.94 
 
 
329 aa  62  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.334695  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.97 
 
 
229 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2686  hypothetical protein  32.3 
 
 
327 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.48 
 
 
324 aa  61.2  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  28.64 
 
 
244 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 
234 aa  61.6  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.73 
 
 
233 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.65 
 
 
231 aa  61.6  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.42 
 
 
231 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
322 aa  61.6  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2510  transcriptional regulator-like protein  30.12 
 
 
325 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.440747  normal  0.721122 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  28.57 
 
 
228 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  28.57 
 
 
228 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.1 
 
 
231 aa  60.5  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.69 
 
 
242 aa  60.1  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>