174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4335 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3901  CRISPR-associated helicase Cas3  48.09 
 
 		 825 aa  757    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 904 aa  1876    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3519  metal dependent phosphohydrolase  41.79 
 
 		 829 aa  597  1e-169  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.102828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3651  CRISPR-associated helicase Cas3  38.56 
 
 		 801 aa  556  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1010  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  37.46 
 
 		 824 aa  519  1e-146  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0850  hypothetical protein  37.15 
 
 		 834 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  35.27 
 
 		 740 aa  387  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1002  metal dependent phosphohydrolase  34.36 
 
 		 731 aa  368  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2978  metal dependent phosphohydrolase  33.75 
 
 		 745 aa  358  2.9999999999999997e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1064  metal dependent phosphohydrolase  34.05 
 
 		 722 aa  350  7e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.121674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3970  metal dependent phosphohydrolase  32.95 
 
 		 792 aa  349  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1476  metal dependent phosphohydrolase  32.91 
 
 		 728 aa  347  4e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0102234  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0657  CRISPR-associated helicase Cas3  33.33 
 
 		 732 aa  345  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.354251  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0601  metal dependent phosphohydrolase  33 
 
 		 745 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0475  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  33.07 
 
 		 717 aa  337  5e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.29 
 
 		 794 aa  332  2e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  32.84 
 
 		 753 aa  324  4e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.650204  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1657  CRISPR-associated helicase Cas3  31.72 
 
 		 739 aa  324  6e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3341  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.31 
 
 		 751 aa  320  6e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.127091  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1436  CRISPR-associated helicase Cas3  34.19 
 
 		 667 aa  313  7.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1979  metal dependent phosphohydrolase  33.25 
 
 		 732 aa  310  5.9999999999999995e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000184282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1626  metal dependent phosphohydrolase  32.48 
 
 		 782 aa  308  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.869451  normal  0.728835 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1489  metal dependent phosphohydrolase  31.63 
 
 		 1078 aa  308  2.0000000000000002e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0565561 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1295  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.27 
 
 		 692 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3385  CRISPR-associated protein Cas5  31.21 
 
 		 1084 aa  306  2.0000000000000002e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.335684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31630  CRISPR-associated helicase Cas3  32.69 
 
 		 661 aa  301  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3582  CRISPR-associated helicase Cas3  34.15 
 
 		 759 aa  299  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1941  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.64 
 
 		 744 aa  289  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.557598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02701  crispr-associated helicase Cas3 domain protein  32.04 
 
 		 722 aa  287  5.999999999999999e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0428162  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0828  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.76 
 
 		 752 aa  283  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0498  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.7 
 
 		 724 aa  278  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0239  metal dependent phosphohydrolase  31.5 
 
 		 772 aa  260  1e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0233  CRISPR-associated helicase Cas3  27.16 
 
 		 765 aa  190  1e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  26.52 
 
 		 800 aa  187  7e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2323  CRISPR-associated helicase Cas3  27.3 
 
 		 778 aa  187  8e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15220  CRISPR-associated helicase Cas3  27.31 
 
 		 822 aa  186  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.280278  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  28.39 
 
 		 800 aa  187  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0641  CRISPR-associated helicase Cas3  29.58 
 
 		 804 aa  184  6e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.674824  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  28.88 
 
 		 776 aa  180  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  27.3 
 
 		 836 aa  178  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0308  CRISPR-associated helicase Cas3  26.54 
 
 		 777 aa  173  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1021  CRISPR-associated HD domain-containing protein  33.92 
 
 		 721 aa  172  3e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0621  CRISPR-associated helicase Cas3  25.86 
 
 		 784 aa  170  9e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0768  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  26.32 
 
 		 820 aa  170  1e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1879  CRISPR-associated helicase Cas3  26.11 
 
 		 730 aa  170  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  26.33 
 
 		 807 aa  167  6.9999999999999995e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  25.55 
 
 		 781 aa  167  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0267  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27 
 
 		 821 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  26.05 
 
 		 651 aa  164  9e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2836  putative helicase  28.02 
 
 		 856 aa  162  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.329885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1070  CRISPR-associated helicase Cas3  25.4 
 
 		 772 aa  161  5e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.894632  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0975  CRISPR-associated helicase Cas3  26.82 
 
 		 821 aa  157  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2186  CRISPR-associated HD domain protein  27.08 
 
 		 729 aa  156  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2428  CRISPR-associated helicase Cas3  25.99 
 
 		 858 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1451  putative helicase  26.91 
 
 		 864 aa  154  5.9999999999999996e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  27.5 
 
 		 783 aa  152  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3933  CRISPR-associated helicase Cas3  28.12 
 
 		 805 aa  150  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  29.45 
 
 		 733 aa  142  3e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1290  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.48 
 
 		 724 aa  140  1e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1009  regulatory protein, DeoR  77.92 
 
 		 351 aa  131  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0794  helicase-like protein  26.9 
 
 		 747 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.850322  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1125  CRISPR-associated helicase Cas3  23.6 
 
 		 880 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00422902  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0663  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  25.77 
 
 		 738 aa  103  2e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.98376  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0396  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  26.02 
 
 		 792 aa  101  5e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.514257  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1805  hypothetical protein  24.57 
 
 		 794 aa  97.4  9e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3002  CRISPR-associated helicase Cas3  27.92 
 
 		 794 aa  88.6  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.201013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  50.63 
 
 		 332 aa  87.8  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  26.93 
 
 		 726 aa  84.7  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1187  regulatory protein, DeoR  52.56 
 
 		 342 aa  84  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660104 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.21 
 
 		 762 aa  82.8  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  23.34 
 
 		 737 aa  82.4  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.31 
 
 		 347 aa  77.4  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  21.27 
 
 		 779 aa  76.3  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  23.6 
 
 		 741 aa  75.1  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  25.5 
 
 		 729 aa  75.1  0.000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  21.84 
 
 		 736 aa  73.9  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  38.46 
 
 		 339 aa  72  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.05 
 
 		 322 aa  72  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  23.84 
 
 		 750 aa  72  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  22.71 
 
 		 781 aa  70.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  22.6 
 
 		 783 aa  67.8  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.74 
 
 		 326 aa  66.6  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  26.88 
 
 		 850 aa  65.9  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.23 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  39.24 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  21.95 
 
 		 843 aa  64.7  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  23.98 
 
 		 750 aa  63.5  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.24 
 
 		 323 aa  63.9  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  26.96 
 
 		 901 aa  64.3  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 323 aa  63.5  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1171  CRISPR-associated HD domain-containing protein  25.82 
 
 		 316 aa  63.2  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.159368 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.31 
 
 		 352 aa  63.5  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  23.53 
 
 		 744 aa  62.8  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  23.3 
 
 		 729 aa  62.8  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  24.4 
 
 		 873 aa  62.4  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  31.71 
 
 		 337 aa  62  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  25.75 
 
 		 927 aa  61.6  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.16 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  35.53 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3329  putative helicase  51.67 
 
 		 939 aa  60.8  0.0000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>