264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3341 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
177 aa  357  3e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.75 
 
 
309 aa  149  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  35.8 
 
 
311 aa  131  6e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.29 
 
 
302 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.23 
 
 
299 aa  107  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.2 
 
 
302 aa  107  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.09 
 
 
298 aa  102  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  33.52 
 
 
301 aa  95.1  4e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.84 
 
 
322 aa  93.6  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.04 
 
 
313 aa  93.6  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.82 
 
 
307 aa  93.2  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.84 
 
 
325 aa  88.6  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.46 
 
 
321 aa  87.8  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  30.68 
 
 
304 aa  87  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.86 
 
 
303 aa  86.3  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  32.95 
 
 
306 aa  85.1  5e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.05 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.03 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  31.11 
 
 
327 aa  82  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  30.17 
 
 
326 aa  81.3  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  36.28 
 
 
132 aa  80.1  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.61 
 
 
332 aa  80.1  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  30.17 
 
 
327 aa  80.5  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.65 
 
 
324 aa  78.6  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.22 
 
 
316 aa  77.4  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.84 
 
 
318 aa  75.9  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.54 
 
 
320 aa  75.5  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  26.67 
 
 
323 aa  75.5  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 
388 aa  75.1  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.44 
 
 
317 aa  75.1  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.41 
 
 
339 aa  74.3  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.37 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.07 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.52 
 
 
323 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 
336 aa  72.8  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.71 
 
 
322 aa  72.4  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  38.89 
 
 
313 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  27.93 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  35.35 
 
 
313 aa  68.6  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.48 
 
 
319 aa  68.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.02 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.47 
 
 
235 aa  68.6  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.96 
 
 
328 aa  68.2  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.09 
 
 
321 aa  68.2  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.13 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.82 
 
 
366 aa  67  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  34.34 
 
 
313 aa  67  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  31.25 
 
 
238 aa  67.4  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  27.84 
 
 
323 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.12 
 
 
232 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.29 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  29.12 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  27.01 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.14 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.05 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.14 
 
 
320 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  25.14 
 
 
320 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  26.44 
 
 
228 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.17 
 
 
303 aa  65.1  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 
228 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.02 
 
 
324 aa  64.3  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.01 
 
 
246 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  25.97 
 
 
232 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  26.44 
 
 
228 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.84 
 
 
317 aa  63.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 
228 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.44 
 
 
228 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.43 
 
 
229 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  24.31 
 
 
320 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.7 
 
 
313 aa  62.8  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  27.93 
 
 
231 aa  62.4  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  36.17 
 
 
229 aa  62.4  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.25 
 
 
313 aa  62  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.36 
 
 
230 aa  62  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.66 
 
 
321 aa  62  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.82 
 
 
232 aa  61.6  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  24.58 
 
 
320 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  24.58 
 
 
320 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  24.71 
 
 
230 aa  61.6  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
231 aa  61.6  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.29 
 
 
228 aa  61.6  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  26.7 
 
 
228 aa  60.8  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.78 
 
 
318 aa  60.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.41 
 
 
327 aa  60.5  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  23.43 
 
 
238 aa  59.7  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.26 
 
 
321 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.93 
 
 
335 aa  60.1  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.4 
 
 
327 aa  59.3  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.86 
 
 
315 aa  58.9  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 
240 aa  58.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.16 
 
 
318 aa  58.9  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.6 
 
 
230 aa  58.5  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.49 
 
 
233 aa  58.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.14 
 
 
324 aa  58.5  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  34.83 
 
 
234 aa  58.2  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.03 
 
 
241 aa  57.8  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  40.58 
 
 
230 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>