135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0306 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0306  thymidylate kinase  100 
 
 		 212 aa  414  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6504  thymidylate kinase  66.51 
 
 		 241 aa  248  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0480023  normal  0.117092 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4251  thymidylate kinase  46.94 
 
 		 213 aa  162  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.993209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30960  thymidylate kinase  45.92 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13276  thymidylate kinase  47.45 
 
 		 214 aa  155  4e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.72345 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1750  thymidylate kinase  48.73 
 
 		 211 aa  153  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126977  normal  0.770397 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1346  thymidylate kinase  47.18 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1364  thymidylate kinase  46.67 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4714  thymidylate kinase  48.98 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0438752  normal  0.0737042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6311  thymidylate kinase  47.42 
 
 		 210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903463  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1380  thymidylate kinase  45.64 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.497022 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3639  thymidylate kinase  44.39 
 
 		 211 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1075  thymidylate kinase  44.02 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5564  thymidylate kinase, putative  26.2 
 
 		 328 aa  95.9  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.96144e-41 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2209  thymidylate kinase  33.84 
 
 		 236 aa  95.5  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1069  thymidylate kinase  28.77 
 
 		 223 aa  85.1  7e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2107  thymidylate kinase  29.89 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0970405  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0024  thymidylate kinase  28.57 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063864  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0636  thymidylate kinase  31.05 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1096  thymidylate kinase  30.61 
 
 		 232 aa  78.2  0.00000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3015  thymidylate kinase  28 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103668  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0121  thymidylate kinase  36.36 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.505241  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4404  dTMP kinase  34.09 
 
 		 703 aa  65.5  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1275  thymidylate kinase  36.3 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4023  thymidylate kinase  34.23 
 
 		 705 aa  62.4  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1707  thymidylate kinase  25.38 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0493685 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24870  thymidylate kinase  35.27 
 
 		 213 aa  62  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0844  thymidylate kinase  35.29 
 
 		 707 aa  58.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0456  thymidylate kinase  26.76 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32590  thymidylate kinase  33.94 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.226657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2194  thymidylate kinase  32.71 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  32.63 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08213  thymidylate and uridylate kinase (Eurofung)  30.77 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.271873  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1841  thymidylate kinase  27.87 
 
 		 189 aa  54.3  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1719  thymidylate kinase  31.53 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.138629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  34.31 
 
 		 688 aa  53.5  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1236  dTMP kinase  32.12 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.97692 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0609  thymidylate kinase  36 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0198408  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3110  dTMP kinase  32.38 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.2545  normal  0.244995 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0156  dTMP kinase  29.14 
 
 		 196 aa  52.4  0.000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2993  thymidylate kinase  32.41 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.207274 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2155  thymidylate kinase  31.67 
 
 		 221 aa  50.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03690  thymidylate kinase  38.26 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0193896  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0354  thymidylate kinase  30.88 
 
 		 281 aa  50.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0144  dTMP kinase  33.79 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.049684 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46855  predicted protein  27.03 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00892903  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2063  thymidylate kinase  31.6 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.615627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  27.4 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2629  thymidylate kinase  32.32 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0489  dTMP kinase  35.57 
 
 		 662 aa  49.3  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.042381  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5864  thymidylate kinase  29.19 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.851432 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0357  thymidylate kinase  24.34 
 
 		 198 aa  48.5  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  33.97 
 
 		 901 aa  48.5  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0300  dTMP kinase  26.63 
 
 		 205 aa  48.1  0.00009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.188613 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2783  thymidylate kinase  32.12 
 
 		 686 aa  48.1  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.855806  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0093  thymidylate kinase  31.12 
 
 		 215 aa  47.4  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2154  thymidylate kinase  27.98 
 
 		 206 aa  48.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511195  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6186  thymidylate kinase  29.38 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1893  thymidylate kinase  29.38 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.430132  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0575  thymidylate kinase  32.73 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000589197 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2036  thymidylate kinase  27.21 
 
 		 196 aa  48.1  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.54882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1272  dTMP kinase  34.82 
 
 		 234 aa  47.8  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.175586 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2699  thymidylate kinase  30.73 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.741794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1916  thymidylate kinase  29.38 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0727621 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1726  thymidylate kinase  30.15 
 
 		 217 aa  48.1  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  30.26 
 
 		 216 aa  47.8  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1043  thymidylate kinase  30.29 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0551  thymidylate kinase  32.81 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1830  thymidylate kinase  28.81 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2202  dTMP kinase  32.81 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0126  thymidylate kinase  34.78 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2216  dTMP kinase  34.25 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.170348  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1802  thymidylate kinase  28.81 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0698629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1654  thymidylate kinase  29.65 
 
 		 217 aa  47.4  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.969892  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2380  thymidylate kinase  30.35 
 
 		 209 aa  46.2  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.723503  normal  0.922007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1703  thymidylate kinase  31.25 
 
 		 214 aa  46.6  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.225544  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4306  thymidylate kinase  33.11 
 
 		 730 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1788  thymidylate kinase  27.78 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000115787  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1660  thymidylate kinase  28.72 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0638751  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5193  thymidylate kinase  28.81 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.207302 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2318  thymidylate kinase  28.16 
 
 		 217 aa  46.2  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0629646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1026  dTMP kinase  27.64 
 
 		 254 aa  46.2  0.0004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0925  thymidylate kinase  26.36 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0100  thymidylate kinase  31.21 
 
 		 233 aa  45.8  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000072842 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1381  thymidylate kinase  27.4 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2126  dTMP kinase  32.88 
 
 		 219 aa  45.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.454256  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1194  dTMP kinase  28.4 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1717  dTMP kinase  30 
 
 		 197 aa  45.4  0.0006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1721  thymidylate kinase  32.88 
 
 		 218 aa  45.1  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1691  thymidylate kinase  27.8 
 
 		 216 aa  45.1  0.0009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.38478e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1425  thymidylate kinase  27.52 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  28.08 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  31.43 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3467  thymidylate kinase  35 
 
 		 686 aa  44.7  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2281  thymidylate kinase  27.52 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2320  thymidylate kinase  28.81 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1189  thymidylate kinase  27.52 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  31.58 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1644  dTMP kinase  29.11 
 
 		 197 aa  44.7  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  28.08 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>