More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0496 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_0496  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  100 
 
 		 374 aa  739    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0547922  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0502  hypothetical protein  98.02 
 
 		 101 aa  195  1e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0560  hypothetical protein  27.49 
 
 		 460 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0528285  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4346  hypothetical protein  26.86 
 
 		 437 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3805  hypothetical protein  23.7 
 
 		 455 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000987583 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0674  hypothetical protein  26.75 
 
 		 413 aa  89.4  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2846  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  24.04 
 
 		 454 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0526623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2467  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  24.05 
 
 		 439 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3717  putative DNA protecting protein DprA  24.67 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2962  hypothetical protein  23.83 
 
 		 456 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0301366  decreased coverage  0.0010665 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4747  putative DNA protecting protein DprA  24.67 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1319  hypothetical protein  26.09 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.249275  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1533  hypothetical protein  24.47 
 
 		 426 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1570  hypothetical protein  25.35 
 
 		 515 aa  78.2  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.193511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1435  hypothetical protein  22.98 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0415374  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5585  SMF family protein  29.29 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  29.03 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1006  DprA/SMF protein, putative DNA processing factor  26.75 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.048542  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  33.04 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  32.41 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1127  hypothetical protein  22.36 
 
 		 439 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  32.8 
 
 		 387 aa  70.1  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  30.77 
 
 		 366 aa  69.3  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  25.7 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  32.65 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  32.26 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  30.39 
 
 		 366 aa  68.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  24.73 
 
 		 375 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  33.67 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  34.65 
 
 		 383 aa  67.8  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1396  DNA processing protein DprA, putative  21.98 
 
 		 368 aa  67  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.649924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  31.82 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1101  DNA protecting protein DprA  34.04 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00287455  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  37.84 
 
 		 374 aa  66.2  0.0000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  24.37 
 
 		 375 aa  66.2  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  30.53 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  26.47 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  30.48 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  30.46 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  30.48 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  31.11 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  30.48 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  32.71 
 
 		 368 aa  65.1  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  28.57 
 
 		 372 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  32.29 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  27.06 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0383  DNA protecting protein DprA  28.73 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.2777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  32.71 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  31.3 
 
 		 336 aa  63.9  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  31.68 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  26.06 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  29.81 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  31.48 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  29.63 
 
 		 388 aa  63.5  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  29.31 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  30.15 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  29.84 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  30.84 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  28.85 
 
 		 422 aa  62.8  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  25.32 
 
 		 361 aa  62.8  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2933  DNA protecting protein DprA  22.76 
 
 		 380 aa  62.8  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.608648  normal  0.51398 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  29.41 
 
 		 368 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  28.18 
 
 		 429 aa  62  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  34.48 
 
 		 592 aa  62  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3932  DNA processing Smf protein  28.8 
 
 		 289 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000528379  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  30.37 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  29.03 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  27.45 
 
 		 391 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  26.62 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  28.85 
 
 		 425 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  38.46 
 
 		 375 aa  62  0.00000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  29.06 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  29.06 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  29.06 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  30.91 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  30.91 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  23.66 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1447  SMF protein  30.69 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  29.81 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  31.82 
 
 		 359 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  30.43 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  30.91 
 
 		 375 aa  61.6  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  29.41 
 
 		 369 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  29.41 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  32.14 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  30.77 
 
 		 383 aa  61.2  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3876  Smf family DNA processing protein  30.14 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000864886  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  30.92 
 
 		 364 aa  60.8  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  26.85 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  27.55 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  24.71 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  30.77 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  28.43 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  25.96 
 
 		 418 aa  60.5  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  25.53 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  24.39 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  27.08 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  27.78 
 
 		 553 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  23.03 
 
 		 366 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  32 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>