More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2962 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2962  hypothetical protein  100 
 
 		 456 aa  917    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0301366  decreased coverage  0.0010665 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1127  hypothetical protein  60 
 
 		 439 aa  544  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1435  hypothetical protein  60.13 
 
 		 439 aa  541  9.999999999999999e-153  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0415374  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1570  hypothetical protein  37.69 
 
 		 515 aa  269  5.9999999999999995e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.193511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2846  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.6 
 
 		 454 aa  268  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0526623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1533  hypothetical protein  37.31 
 
 		 426 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0560  hypothetical protein  34.57 
 
 		 460 aa  247  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0528285  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2467  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  37.11 
 
 		 439 aa  237  3e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4346  hypothetical protein  35.06 
 
 		 437 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3805  hypothetical protein  34.44 
 
 		 455 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000987583 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1319  hypothetical protein  34.28 
 
 		 453 aa  216  9e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.249275  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3717  putative DNA protecting protein DprA  44.07 
 
 		 400 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0674  hypothetical protein  32.37 
 
 		 413 aa  209  8e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4747  putative DNA protecting protein DprA  43.39 
 
 		 400 aa  207  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  35.03 
 
 		 365 aa  87  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  35.71 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0496  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  23.83 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0547922  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  35.71 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  35.2 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  34.47 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  30.94 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  34.21 
 
 		 375 aa  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  34.45 
 
 		 422 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  37.27 
 
 		 475 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  33 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  38.04 
 
 		 475 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2933  DNA protecting protein DprA  31.14 
 
 		 380 aa  72  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.608648  normal  0.51398 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07040  DNA protecting protein DprA  27.57 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  0.79238 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  27.95 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  31.48 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01412  hypothetical protein  68.75 
 
 		 48 aa  70.9  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.199719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  29.35 
 
 		 383 aa  70.5  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  37.27 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 395 aa  70.5  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  32.88 
 
 		 668 aa  70.5  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1859  SMF protein  34.16 
 
 		 355 aa  70.1  0.00000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0995  DNA protecting protein DprA  28.1 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  32.84 
 
 		 401 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  31.25 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  31.98 
 
 		 442 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  30.73 
 
 		 336 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  33.04 
 
 		 553 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  36.65 
 
 		 448 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  25.37 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  35.63 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  29.49 
 
 		 366 aa  68.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  31.63 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  30.67 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  33.48 
 
 		 394 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  36.02 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  28.26 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  32.04 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  29.63 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 385 aa  67  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0663  DNA protecting protein DprA  25.87 
 
 		 364 aa  67  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.802271  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  26.32 
 
 		 368 aa  67  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  28.14 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  31.96 
 
 		 368 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  32.26 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1994  DNA protecting protein DprA  32.14 
 
 		 293 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1348  DNA protecting protein DprA  34.17 
 
 		 361 aa  66.2  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0122196  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  31.55 
 
 		 308 aa  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  31.48 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 373 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  29.23 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  33.82 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  29.54 
 
 		 388 aa  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  30.35 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  32.87 
 
 		 359 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  28.57 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  32.34 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  32.34 
 
 		 401 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  32.12 
 
 		 229 aa  65.5  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  29.49 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  29.49 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1447  SMF protein  31.02 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  29.86 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0181  hypothetical protein  25.93 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  30.92 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  34.97 
 
 		 433 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  32.32 
 
 		 375 aa  64.3  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4029  Mg chelatase, subunit ChlI  26.52 
 
 		 748 aa  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2486  DNA protecting protein DprA  27.91 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000522014  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  29.38 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  28.77 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  32.35 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  29.15 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2886  DNA protecting protein DprA  42.66 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.338087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  29.15 
 
 		 374 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  29.5 
 
 		 394 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 338 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 338 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  31.34 
 
 		 389 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2793  DNA protecting protein DprA  41.96 
 
 		 312 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.196639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>