More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3805 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3805  hypothetical protein  100 
 
 		 455 aa  933    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000987583 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4346  hypothetical protein  49.08 
 
 		 437 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0560  hypothetical protein  49.23 
 
 		 460 aa  409  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0528285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3717  putative DNA protecting protein DprA  43.47 
 
 		 400 aa  333  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4747  putative DNA protecting protein DprA  43.23 
 
 		 400 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853316 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2846  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.95 
 
 		 454 aa  273  4.0000000000000004e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0526623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2467  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.3 
 
 		 439 aa  262  8.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1435  hypothetical protein  36.91 
 
 		 439 aa  247  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0415374  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1127  hypothetical protein  36.28 
 
 		 439 aa  244  3e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1570  hypothetical protein  34.1 
 
 		 515 aa  224  2e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.193511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2962  hypothetical protein  34.44 
 
 		 456 aa  220  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0301366  decreased coverage  0.0010665 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1319  hypothetical protein  34.03 
 
 		 453 aa  219  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.249275  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1533  hypothetical protein  33.49 
 
 		 426 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0674  hypothetical protein  34.27 
 
 		 413 aa  208  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111926  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0496  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  23.7 
 
 		 374 aa  97.1  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0547922  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  33.73 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  26.61 
 
 		 368 aa  79.7  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0663  DNA protecting protein DprA  28.76 
 
 		 364 aa  79  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.802271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  28.3 
 
 		 383 aa  79  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  33.52 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  33.52 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  28.51 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  31.52 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  32.29 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  30.74 
 
 		 434 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  28.44 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  31.23 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  30.45 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  29.87 
 
 		 409 aa  76.6  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  29.46 
 
 		 405 aa  76.3  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1859  SMF protein  33.51 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  30.74 
 
 		 372 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  32.03 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  27.02 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  32.03 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  27.15 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  32.03 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  30.8 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  30.8 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  27.52 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  32.95 
 
 		 365 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  31.89 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  31.17 
 
 		 433 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  27.23 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  32.34 
 
 		 475 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  31.3 
 
 		 394 aa  72  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  27.91 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  30.58 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  29.09 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  30.1 
 
 		 668 aa  71.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  31.56 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  29.82 
 
 		 389 aa  71.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1020  Rossmann fold nucleotide-binding protein for DNA uptake  30.33 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.274867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  29.2 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0995  DNA protecting protein DprA  26.91 
 
 		 366 aa  71.2  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  30.35 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  29.03 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  36.09 
 
 		 422 aa  70.1  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2345  DNA processing protein DprA, putative  29.77 
 
 		 358 aa  70.1  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  29.77 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1317  DNA protecting protein DprA  28.79 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  30.77 
 
 		 375 aa  69.7  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  29.05 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  32.32 
 
 		 422 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  29.52 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03515  Smf protein DNA processing chain A  26.29 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  32.34 
 
 		 475 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  32.32 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0475  Smf family DNA processing protein  35.81 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.966242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  28.74 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  26.13 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  29.77 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  28.76 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  29.3 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  31.1 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  30.81 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  32.52 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  29.17 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  30.73 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  29.86 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  26.37 
 
 		 425 aa  67  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  29.37 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  27.39 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  28.85 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  29.25 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  27.13 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  29.88 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  29.03 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  30.52 
 
 		 361 aa  65.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  29.05 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  30.43 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  30.17 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1609  DNA protecting protein DprA  29.14 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.709828  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  31.28 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  29.46 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  27.15 
 
 		 375 aa  65.1  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  28.3 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1433  DNA protecting protein DprA  30.06 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  30.25 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  26.82 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>