More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2467 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2467  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  100 
 
 		 439 aa  892    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2846  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  61.5 
 
 		 454 aa  530  1e-149  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0526623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1570  hypothetical protein  39.59 
 
 		 515 aa  305  1.0000000000000001e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.193511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1533  hypothetical protein  39.18 
 
 		 426 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4346  hypothetical protein  37.59 
 
 		 437 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0560  hypothetical protein  38.39 
 
 		 460 aa  283  6.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0528285  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3805  hypothetical protein  38.3 
 
 		 455 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000987583 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1435  hypothetical protein  38.81 
 
 		 439 aa  259  7e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0415374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3717  putative DNA protecting protein DprA  39.39 
 
 		 400 aa  259  7e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1319  hypothetical protein  36.51 
 
 		 453 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.249275  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4747  putative DNA protecting protein DprA  38.44 
 
 		 400 aa  258  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853316 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1127  hypothetical protein  36.89 
 
 		 439 aa  252  7e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0674  hypothetical protein  33.41 
 
 		 413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111926  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2962  hypothetical protein  36.56 
 
 		 456 aa  230  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0301366  decreased coverage  0.0010665 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0496  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  24.05 
 
 		 374 aa  94.7  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0547922  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  38.25 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  39.78 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  39.35 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  31.3 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  35.5 
 
 		 668 aa  70.9  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4029  Mg chelatase, subunit ChlI  27.11 
 
 		 748 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0663  DNA protecting protein DprA  29.76 
 
 		 364 aa  70.1  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.802271  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  30.21 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  34 
 
 		 394 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2377  DNA protecting protein DprA  39.22 
 
 		 421 aa  67  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  34.71 
 
 		 366 aa  66.6  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  34.38 
 
 		 372 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  33.54 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  35.88 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1489  SMF family protein  30.74 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00000274603  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  31.14 
 
 		 368 aa  64.7  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0002  SMF family protein  28.49 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 553 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  31.9 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  36.94 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  32.18 
 
 		 409 aa  63.9  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  31.25 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  38.61 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  37.65 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  31.29 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  41.41 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  42.71 
 
 		 422 aa  62.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  34.78 
 
 		 366 aa  63.2  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 371 aa  63.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  30.47 
 
 		 352 aa  62.8  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0295  DNA processing protein DprA, putative  36.2 
 
 		 374 aa  62  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.332984 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  31.65 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  31.19 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03515  Smf protein DNA processing chain A  26.61 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  28.95 
 
 		 362 aa  62.4  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1433  DNA protecting protein DprA  32.93 
 
 		 363 aa  62  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2345  DNA processing protein DprA, putative  30.73 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  35.26 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  34.51 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  37.04 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0702  SMF family protein  41.24 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000212454  unclonable  0.0000000268506 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  34.51 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  34.09 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3129  SMF family protein  30.28 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.780475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  34.55 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  31.4 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  28.29 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  37 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  32.73 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  30.41 
 
 		 369 aa  59.7  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  31.55 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  33.33 
 
 		 425 aa  59.7  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  38.38 
 
 		 433 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  33.76 
 
 		 381 aa  59.7  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  35.9 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  33.76 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07040  DNA protecting protein DprA  32.09 
 
 		 328 aa  59.3  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  0.79238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  37 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  30.28 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  40.82 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  32.91 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  31.25 
 
 		 369 aa  58.9  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  33.14 
 
 		 336 aa  58.9  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  30.06 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  29.3 
 
 		 339 aa  58.2  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0995  DNA protecting protein DprA  27.84 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  30 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  33.54 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  38 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  31.14 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  38 
 
 		 475 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0080  SMF family protein  29.25 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  32.08 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  31.14 
 
 		 375 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  38 
 
 		 475 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1207  DNA processing protein DprA, putative  26.47 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.172047  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  26.16 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1609  DNA protecting protein DprA  28.16 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.709828  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2486  DNA protecting protein DprA  28.04 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000522014  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  30.59 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  36.04 
 
 		 429 aa  57.8  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  28.04 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2135  DNA processing protein  40.43 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>