More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3129 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3129  SMF family protein  100 
 
 		 331 aa  673    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.780475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2201  SMF protein  47.48 
 
 		 345 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000000301868  n/a   
 
 
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  31 
 
 		 385 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  35.75 
 
 		 377 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  34.74 
 
 		 379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  34.13 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1572  DNA protecting protein DprA  32.16 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  36.14 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  35.64 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  36.14 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  33.08 
 
 		 668 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  38.07 
 
 		 364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2182  DNA protecting protein DprA  31.62 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00480655  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  36.08 
 
 		 373 aa  112  9e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  36.08 
 
 		 373 aa  112  9e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  34.95 
 
 		 365 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  33.48 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  34.98 
 
 		 373 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  35.29 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20450  predicted Rossmann fold nucleotide-binding protein involved in DNA uptake  38.98 
 
 		 231 aa  110  4.0000000000000004e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.549529  normal  0.263835 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  38.73 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  32.17 
 
 		 379 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  31.42 
 
 		 369 aa  109  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  34.4 
 
 		 377 aa  109  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  31.27 
 
 		 356 aa  109  6e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  35.18 
 
 		 384 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  33.99 
 
 		 373 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  35.16 
 
 		 366 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  36.32 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2463  DNA processing protein DprA, putative  32.89 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.327666 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  36.26 
 
 		 229 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2135  DNA processing protein  35.88 
 
 		 405 aa  107  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497205 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  31.99 
 
 		 374 aa  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  36.78 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  30.77 
 
 		 362 aa  106  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  38.29 
 
 		 386 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  31.66 
 
 		 442 aa  106  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2383  DNA protecting protein DprA  28.81 
 
 		 370 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  33.7 
 
 		 374 aa  106  6e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  37.71 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  34.62 
 
 		 399 aa  106  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  36.52 
 
 		 369 aa  106  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0698  DNA protecting protein DprA  35.82 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.194765  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  35.71 
 
 		 395 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  36.81 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  36.47 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4029  Mg chelatase, subunit ChlI  29.86 
 
 		 748 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  36 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  36 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  36.26 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  36 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1207  DNA processing protein DprA, putative  34.29 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.172047  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  35.54 
 
 		 371 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0157  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.835588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  28.67 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1433  DNA protecting protein DprA  34.86 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  36.57 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  35.43 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  35.68 
 
 		 393 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  36.93 
 
 		 362 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  39.33 
 
 		 375 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  30.04 
 
 		 382 aa  104  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23650  DNA protecting protein DprA  34.36 
 
 		 399 aa  103  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0566962  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  35.67 
 
 		 368 aa  104  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  35.43 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  32.07 
 
 		 388 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  37.36 
 
 		 340 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  31.22 
 
 		 368 aa  103  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  34.34 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  32.07 
 
 		 375 aa  102  6e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  36 
 
 		 338 aa  102  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  34.34 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  34.46 
 
 		 383 aa  102  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  36.16 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1396  DNA processing protein DprA, putative  38.46 
 
 		 368 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.649924  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5585  SMF family protein  30.47 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  28.89 
 
 		 360 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2933  DNA protecting protein DprA  32.47 
 
 		 380 aa  101  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.608648  normal  0.51398 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2419  DNA protecting protein DprA  33.16 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0616  DNA protecting protein DprA  36.05 
 
 		 247 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00609324  normal  0.0384854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  34.62 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  36.36 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  35.83 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  35.43 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  35.59 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  29.35 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  38.92 
 
 		 365 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1317  DNA protecting protein DprA  35.83 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  35.03 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  35.03 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>