More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3717 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_4747  putative DNA protecting protein DprA  97.75 
 
 		 400 aa  805    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3717  putative DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 400 aa  823    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4346  hypothetical protein  49.43 
 
 		 437 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0560  hypothetical protein  54.42 
 
 		 460 aa  349  5e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0528285  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3805  hypothetical protein  43.47 
 
 		 455 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000987583 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2467  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.39 
 
 		 439 aa  248  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2846  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  37.16 
 
 		 454 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0526623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1533  hypothetical protein  37.17 
 
 		 426 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1570  hypothetical protein  35.47 
 
 		 515 aa  231  1e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.193511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1435  hypothetical protein  35.84 
 
 		 439 aa  200  3e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0415374  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1319  hypothetical protein  33.81 
 
 		 453 aa  199  7e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.249275  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0674  hypothetical protein  33.66 
 
 		 413 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111926  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2962  hypothetical protein  42.09 
 
 		 456 aa  195  9e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0301366  decreased coverage  0.0010665 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1127  hypothetical protein  41.45 
 
 		 439 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  29.97 
 
 		 369 aa  93.6  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  26.81 
 
 		 336 aa  88.6  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  30.19 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  27.44 
 
 		 362 aa  86.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0496  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  24.67 
 
 		 374 aa  85.9  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0547922  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  28.62 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  28.42 
 
 		 409 aa  84  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  28.44 
 
 		 379 aa  84  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  33.68 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07040  DNA protecting protein DprA  34 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  0.79238 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  28.26 
 
 		 362 aa  82.8  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  33.52 
 
 		 395 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  31.31 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  26.72 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  26.67 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5585  SMF family protein  28.44 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  32.61 
 
 		 372 aa  79.7  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  28.03 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  30.23 
 
 		 406 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  28.75 
 
 		 365 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  24.7 
 
 		 374 aa  79.3  0.0000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  27.8 
 
 		 359 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  27.12 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  30.54 
 
 		 379 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  33.89 
 
 		 307 aa  79.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  34.44 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  28.43 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  32.93 
 
 		 394 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0383  DNA protecting protein DprA  26.88 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.2777  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  29.48 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  28.83 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  28.34 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  26.62 
 
 		 383 aa  77.4  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2345  DNA processing protein DprA, putative  32.13 
 
 		 358 aa  77  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  32 
 
 		 388 aa  77  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  30.56 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  29.55 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  31.02 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  33.71 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  32.12 
 
 		 368 aa  76.3  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  27.1 
 
 		 360 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 395 aa  75.9  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  30.03 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  28.48 
 
 		 358 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  29.3 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  27.99 
 
 		 378 aa  75.5  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  33.89 
 
 		 365 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  26.4 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  26.98 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  31.28 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  36.02 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  30.34 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  26.43 
 
 		 375 aa  74.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0663  DNA protecting protein DprA  25.57 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.802271  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  45.74 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  26.69 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  27.56 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  32.38 
 
 		 364 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  30.04 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  26.14 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0080  SMF family protein  28.76 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  28.01 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  30.6 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  26.44 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  29.01 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  29.15 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  29.52 
 
 		 368 aa  72.8  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1609  DNA protecting protein DprA  30.54 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.709828  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  26.75 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  26.69 
 
 		 338 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  26.69 
 
 		 338 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  29.15 
 
 		 366 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  25.15 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  26.57 
 
 		 399 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  28.81 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  28.81 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2419  DNA protecting protein DprA  28.3 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  27.99 
 
 		 366 aa  72.8  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0181  hypothetical protein  31.4 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1447  SMF protein  32.02 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  31.86 
 
 		 592 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  31.79 
 
 		 385 aa  72  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  30 
 
 		 371 aa  72  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  28.84 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  29.37 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  25.77 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>