More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5585 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5585  SMF family protein  100 
 
 		 314 aa  633  1e-180  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  45.58 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  40.99 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  40.09 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  41.89 
 
 		 366 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  47.59 
 
 		 375 aa  163  4.0000000000000004e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  32.78 
 
 		 409 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  41.94 
 
 		 362 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  44.85 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  38.89 
 
 		 359 aa  159  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  42.94 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0715  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  43.66 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.598053  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  42.37 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  42.37 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  35.34 
 
 		 364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  37.63 
 
 		 386 aa  155  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  38.12 
 
 		 406 aa  155  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  44.44 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  38.29 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1290  DNA protecting protein DprA  41.12 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00929772  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  40.31 
 
 		 369 aa  153  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  40.43 
 
 		 373 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  39.47 
 
 		 370 aa  153  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  42.19 
 
 		 371 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  41.44 
 
 		 338 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  41.99 
 
 		 338 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  41.48 
 
 		 372 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  41.44 
 
 		 338 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  43.92 
 
 		 360 aa  152  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  41.44 
 
 		 338 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  41.34 
 
 		 338 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  43.01 
 
 		 364 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  37.61 
 
 		 331 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  36.67 
 
 		 385 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  40.64 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  37.25 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.02 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  42 
 
 		 442 aa  149  7e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  39.25 
 
 		 369 aa  149  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 368 aa  148  9e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 		 368 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  41.48 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  40.18 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  39.58 
 
 		 356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  39.73 
 
 		 394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.18 
 
 		 366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2199  SMF protein  39.83 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000000109566  n/a   
 
 
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  40.11 
 
 		 362 aa  146  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  46.07 
 
 		 385 aa  146  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  36.98 
 
 		 382 aa  145  6e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  36.8 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  36.68 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  38.74 
 
 		 389 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  37.12 
 
 		 362 aa  144  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  44.44 
 
 		 389 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.06 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  35.77 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  36.4 
 
 		 399 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  41.9 
 
 		 374 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  38.38 
 
 		 383 aa  142  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  38.16 
 
 		 668 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  38.25 
 
 		 377 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0314  DNA protecting protein DprA  40.74 
 
 		 392 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0922  DNA processing protein, Smf family  39.27 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  40.85 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  35.32 
 
 		 370 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0895  SMF family protein  38.89 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0725141  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1447  SMF protein  39.58 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 422 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0829  SMF protein  40.49 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000000494778  unclonable  0.00000053087 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  38.05 
 
 		 366 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  41.84 
 
 		 421 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  36.02 
 
 		 360 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  43.43 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  33.73 
 
 		 389 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  35.12 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1006  DprA/SMF protein, putative DNA processing factor  38.34 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.048542  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  38.02 
 
 		 395 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  36.02 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  37.21 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  37.39 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  35.34 
 
 		 366 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  42.29 
 
 		 379 aa  135  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00299  SMF protein  38.21 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0738024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  38.21 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  38.29 
 
 		 399 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1766  SMF protein  34.19 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.273008 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  39.06 
 
 		 425 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  40 
 
 		 361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  38.33 
 
 		 378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0383  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.2777  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1232  SMF family protein  36.93 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.25702  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  38.2 
 
 		 364 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  37.93 
 
 		 402 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  35.08 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  37.55 
 
 		 387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  32.8 
 
 		 369 aa  132  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  40.68 
 
 		 382 aa  133  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  36.84 
 
 		 379 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>