More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00299 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00299  SMF protein  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0738024  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0829  SMF protein  55.37 
 
 		 302 aa  350  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000000494778  unclonable  0.00000053087 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2199  SMF protein  55.17 
 
 		 295 aa  350  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000000109566  n/a   
 
 
 
NC_009667  Oant_0895  SMF family protein  56.36 
 
 		 277 aa  333  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0725141  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0181  hypothetical protein  53.74 
 
 		 294 aa  311  7.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4391  SMF family protein  43.48 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  36.64 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1006  DprA/SMF protein, putative DNA processing factor  41.71 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.048542  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0922  DNA processing protein, Smf family  42.2 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  34.78 
 
 		 356 aa  137  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  37.14 
 
 		 336 aa  136  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  32.35 
 
 		 364 aa  136  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  35.71 
 
 		 369 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  35.58 
 
 		 369 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5585  SMF family protein  38.21 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  38.12 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1305  Rossmann fold nucleotide-binding protein for DNA uptake  38.05 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.203251  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  32.61 
 
 		 359 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  37.62 
 
 		 409 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  38.57 
 
 		 374 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  38.03 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  36.32 
 
 		 365 aa  132  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  36.45 
 
 		 375 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  34.87 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  37.09 
 
 		 385 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2933  DNA protecting protein DprA  40.22 
 
 		 380 aa  130  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.608648  normal  0.51398 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  35.15 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  35.96 
 
 		 375 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  40.23 
 
 		 370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1101  DNA protecting protein DprA  37.32 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00287455  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  35.43 
 
 		 378 aa  130  4.0000000000000003e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  36.32 
 
 		 362 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  36.57 
 
 		 377 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  34.12 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  33.17 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0698  DNA protecting protein DprA  33.17 
 
 		 337 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.194765  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  30.5 
 
 		 399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  31.02 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  35.2 
 
 		 365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  30.66 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  35.2 
 
 		 365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  30.96 
 
 		 374 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  35.58 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 359 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  36.08 
 
 		 375 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  34.3 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  35.83 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  36.55 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  33.85 
 
 		 394 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  36.67 
 
 		 366 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  35.91 
 
 		 362 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  36.79 
 
 		 379 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  38.27 
 
 		 374 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  32.72 
 
 		 405 aa  125  9e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  34.69 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  34.69 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  35.27 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  36.27 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  37.02 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  35.86 
 
 		 365 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1994  DNA protecting protein DprA  37.09 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  37.02 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  37.76 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  37.76 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  37.76 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  37.76 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  37.76 
 
 		 374 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  32.58 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  36.92 
 
 		 369 aa  123  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  37.76 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  33.82 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  37.16 
 
 		 374 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 386 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  37.76 
 
 		 374 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  33.19 
 
 		 386 aa  122  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  29.84 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  36.5 
 
 		 371 aa  122  6e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  34.69 
 
 		 365 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  35.1 
 
 		 364 aa  122  8e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  32.85 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  33.65 
 
 		 361 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  34.62 
 
 		 375 aa  121  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  33.16 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  33.81 
 
 		 386 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  33.17 
 
 		 394 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  31.77 
 
 		 396 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0703  DNA processing protein DprA, putative  36.41 
 
 		 402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.055587  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  33.02 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  31.28 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  37.27 
 
 		 384 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 374 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  35.85 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  35.35 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>