More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1435 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1435  hypothetical protein  100 
 
 		 439 aa  897    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0415374  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1127  hypothetical protein  82.92 
 
 		 439 aa  749    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2962  hypothetical protein  60.13 
 
 		 456 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0301366  decreased coverage  0.0010665 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1533  hypothetical protein  39.49 
 
 		 426 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2846  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.47 
 
 		 454 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0526623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1570  hypothetical protein  36.9 
 
 		 515 aa  260  4e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.193511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2467  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.81 
 
 		 439 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3805  hypothetical protein  36.91 
 
 		 455 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000987583 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0560  hypothetical protein  34.15 
 
 		 460 aa  247  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0528285  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1319  hypothetical protein  35.55 
 
 		 453 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.249275  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4346  hypothetical protein  36.3 
 
 		 437 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0674  hypothetical protein  34.11 
 
 		 413 aa  212  9e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.111926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3717  putative DNA protecting protein DprA  35.84 
 
 		 400 aa  200  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4747  putative DNA protecting protein DprA  40.75 
 
 		 400 aa  199  7e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  37.7 
 
 		 365 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  32.71 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  34.5 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  33.16 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0496  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  22.98 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0547922  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  34.22 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  34.17 
 
 		 365 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  33.16 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  33.95 
 
 		 375 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  35.79 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1859  SMF protein  36.81 
 
 		 355 aa  72.4  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 385 aa  72.8  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  33.95 
 
 		 375 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  35.5 
 
 		 375 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  32.34 
 
 		 366 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  35.56 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  33.93 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2268  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1489  SMF family protein  26.62 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00000274603  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  32.99 
 
 		 395 aa  69.3  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  34.52 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  33.19 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  33.53 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  29.49 
 
 		 382 aa  67.8  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  30.26 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1994  DNA protecting protein DprA  30.61 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  30.92 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  31.42 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07040  DNA protecting protein DprA  29.79 
 
 		 328 aa  67  0.0000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  0.79238 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  31.03 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  29.68 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  31.02 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  33.47 
 
 		 553 aa  66.6  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  30 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  31.28 
 
 		 668 aa  66.6  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  31.02 
 
 		 338 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  31.02 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  31.02 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00299  SMF protein  30.38 
 
 		 295 aa  66.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0738024  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0031  DNA protecting protein DprA  28.43 
 
 		 307 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  36.11 
 
 		 371 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  29.22 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2933  DNA protecting protein DprA  31.11 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.608648  normal  0.51398 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  33.54 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  32.1 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  29.57 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  32.08 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  33.33 
 
 		 362 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  30.05 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2419  DNA protecting protein DprA  23.67 
 
 		 426 aa  63.9  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  34.04 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0703  DNA processing protein DprA, putative  30 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.055587  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  27.64 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  27.64 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  27.64 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  30.95 
 
 		 394 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  34.38 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  31.29 
 
 		 401 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  28.93 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  28.93 
 
 		 362 aa  63.5  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  33.33 
 
 		 475 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  33.54 
 
 		 475 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  28.62 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  34.12 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  30.81 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  30.94 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  35.19 
 
 		 375 aa  63.2  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2383  DNA protecting protein DprA  32.14 
 
 		 370 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  33.54 
 
 		 422 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  33.95 
 
 		 370 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  31.19 
 
 		 365 aa  62.8  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  33.52 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  32.72 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  32.72 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  29.63 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  28.24 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  31.29 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4391  SMF family protein  33.54 
 
 		 226 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  27.68 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  28.74 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  35.12 
 
 		 362 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03515  Smf protein DNA processing chain A  26.7 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  24.55 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  29.52 
 
 		 361 aa  61.2  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  30.3 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>