More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1544 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  100 
 
 
257 aa  530  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  86.38 
 
 
257 aa  467  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  79.61 
 
 
260 aa  427  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  80.39 
 
 
261 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  77.43 
 
 
257 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.65 
 
 
257 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  77.04 
 
 
265 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  68.24 
 
 
263 aa  363  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  67.06 
 
 
263 aa  345  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.14 
 
 
260 aa  333  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60 
 
 
261 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60 
 
 
261 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.08 
 
 
261 aa  308  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.08 
 
 
261 aa  308  4e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.62 
 
 
261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.46 
 
 
261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55 
 
 
261 aa  297  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.37 
 
 
262 aa  297  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.43 
 
 
256 aa  295  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.98 
 
 
262 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.08 
 
 
258 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.59 
 
 
260 aa  291  7e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.11 
 
 
263 aa  291  9e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.6 
 
 
262 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.69 
 
 
257 aa  290  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.21 
 
 
281 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.81 
 
 
262 aa  288  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.51 
 
 
258 aa  288  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.08 
 
 
256 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.73 
 
 
258 aa  285  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.98 
 
 
260 aa  285  4e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.49 
 
 
277 aa  285  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.08 
 
 
256 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  56.59 
 
 
260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.46 
 
 
265 aa  281  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.23 
 
 
261 aa  280  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.65 
 
 
266 aa  280  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.65 
 
 
260 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.67 
 
 
262 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.43 
 
 
259 aa  278  8e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.46 
 
 
288 aa  277  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
256 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.23 
 
 
261 aa  276  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.21 
 
 
258 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.65 
 
 
259 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.65 
 
 
259 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.38 
 
 
256 aa  275  5e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.26 
 
 
259 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.85 
 
 
261 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.31 
 
 
261 aa  272  4.0000000000000004e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.67 
 
 
258 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.83 
 
 
258 aa  271  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.26 
 
 
256 aa  270  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.69 
 
 
261 aa  269  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.29 
 
 
264 aa  268  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.23 
 
 
258 aa  268  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55 
 
 
256 aa  268  7e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.05 
 
 
258 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.67 
 
 
258 aa  265  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.71 
 
 
260 aa  265  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.71 
 
 
260 aa  265  5e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.49 
 
 
256 aa  265  7e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.82 
 
 
260 aa  264  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.62 
 
 
256 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.94 
 
 
256 aa  263  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.58 
 
 
256 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.46 
 
 
256 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.23 
 
 
256 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.12 
 
 
257 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.44 
 
 
260 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
260 aa  257  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.15 
 
 
256 aa  254  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.35 
 
 
259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.35 
 
 
259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.1 
 
 
270 aa  236  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
292 aa  236  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.51 
 
 
292 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
292 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
266 aa  232  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.79 
 
 
266 aa  232  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.33 
 
 
252 aa  230  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1976  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.75 
 
 
261 aa  225  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.91 
 
 
272 aa  225  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.73 
 
 
258 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.92 
 
 
255 aa  219  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.4 
 
 
252 aa  217  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  41 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.27 
 
 
263 aa  211  9e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
261 aa  208  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7916  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.31 
 
 
260 aa  206  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.36 
 
 
262 aa  206  4e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1324  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.63 
 
 
260 aa  204  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
258 aa  201  7e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0412678  normal  0.59225 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1807  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.14 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.75 
 
 
258 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00926  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.26 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0885199  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.38 
 
 
261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.41 
 
 
277 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.57 
 
 
260 aa  193  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8513  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.7 
 
 
254 aa  192  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.82683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>