More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1651 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
259 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
259 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  87.26 
 
 
259 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  79.54 
 
 
258 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.45 
 
 
258 aa  415  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  76.54 
 
 
260 aa  413  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  74.9 
 
 
256 aa  408  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.83 
 
 
256 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75 
 
 
260 aa  397  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75 
 
 
260 aa  397  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  72.97 
 
 
256 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  71.32 
 
 
258 aa  382  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.72 
 
 
260 aa  380  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  71.81 
 
 
257 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  73.46 
 
 
261 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  71.32 
 
 
256 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.72 
 
 
260 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  72.09 
 
 
256 aa  374  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  69.77 
 
 
258 aa  374  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  68.34 
 
 
256 aa  371  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.16 
 
 
256 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.08 
 
 
264 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  67.05 
 
 
257 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  66.8 
 
 
256 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  67.44 
 
 
258 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.12 
 
 
256 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  66.28 
 
 
256 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.5 
 
 
256 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.5 
 
 
256 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  68.6 
 
 
256 aa  342  4e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.57 
 
 
258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.77 
 
 
288 aa  319  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.4 
 
 
260 aa  309  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.75 
 
 
256 aa  307  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.17 
 
 
259 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.46 
 
 
260 aa  301  8.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.86 
 
 
258 aa  301  9e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.78 
 
 
261 aa  300  2e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.24 
 
 
261 aa  298  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.53 
 
 
261 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.42 
 
 
258 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.92 
 
 
261 aa  294  9e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.36 
 
 
262 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.69 
 
 
263 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.98 
 
 
265 aa  292  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.94 
 
 
261 aa  291  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.94 
 
 
261 aa  291  5e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.09 
 
 
262 aa  291  6e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.25 
 
 
258 aa  291  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.36 
 
 
281 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.59 
 
 
262 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.65 
 
 
261 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55 
 
 
262 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.2 
 
 
257 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.83 
 
 
261 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  55.86 
 
 
263 aa  279  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55 
 
 
262 aa  278  4e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.37 
 
 
261 aa  278  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.26 
 
 
261 aa  278  6e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.05 
 
 
260 aa  278  8e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.83 
 
 
260 aa  278  8e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  54.65 
 
 
257 aa  275  4e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.26 
 
 
257 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.67 
 
 
266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.49 
 
 
257 aa  271  9e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.71 
 
 
261 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.26 
 
 
266 aa  269  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
292 aa  268  7e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.71 
 
 
265 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
292 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
260 aa  265  4e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.85 
 
 
260 aa  265  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.81 
 
 
277 aa  265  7e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
292 aa  264  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.47 
 
 
263 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.35 
 
 
270 aa  261  6.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.26 
 
 
261 aa  260  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.51 
 
 
266 aa  260  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
272 aa  252  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.21 
 
 
259 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.21 
 
 
259 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.44 
 
 
267 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.68 
 
 
258 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  39.85 
 
 
259 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.25 
 
 
261 aa  208  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.08 
 
 
252 aa  208  8e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
261 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1976  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.31 
 
 
261 aa  202  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.8 
 
 
258 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.62 
 
 
255 aa  201  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1324  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.19 
 
 
260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.47 
 
 
271 aa  194  1e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.64 
 
 
261 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
262 aa  192  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.25 
 
 
261 aa  191  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
258 aa  191  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0412678  normal  0.59225 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.47 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.69 
 
 
277 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.05 
 
 
260 aa  185  5e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>