More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0657 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.92 
 
 
292 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.14 
 
 
292 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  85.34 
 
 
266 aa  471  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.71 
 
 
266 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  68.18 
 
 
270 aa  384  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.38 
 
 
288 aa  276  4e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.85 
 
 
258 aa  267  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.47 
 
 
258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.35 
 
 
259 aa  265  5e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  52.47 
 
 
260 aa  264  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.85 
 
 
259 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.85 
 
 
259 aa  264  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.62 
 
 
259 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.96 
 
 
258 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.97 
 
 
260 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
260 aa  263  3e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50 
 
 
258 aa  259  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.57 
 
 
260 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.57 
 
 
260 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.77 
 
 
258 aa  256  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
256 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.31 
 
 
260 aa  257  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.81 
 
 
256 aa  255  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.57 
 
 
256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.35 
 
 
257 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.81 
 
 
260 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.88 
 
 
277 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.67 
 
 
260 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.88 
 
 
261 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.05 
 
 
256 aa  250  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.49 
 
 
261 aa  249  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.38 
 
 
256 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.22 
 
 
258 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
256 aa  249  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.58 
 
 
256 aa  249  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.3 
 
 
264 aa  249  6e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.38 
 
 
256 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.81 
 
 
257 aa  248  7e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.24 
 
 
258 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.26 
 
 
260 aa  248  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.22 
 
 
258 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.61 
 
 
260 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50 
 
 
256 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.54 
 
 
261 aa  245  6e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.54 
 
 
261 aa  245  6e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.01 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.15 
 
 
261 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.85 
 
 
256 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.73 
 
 
262 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.47 
 
 
256 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.88 
 
 
258 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.08 
 
 
256 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.15 
 
 
261 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.08 
 
 
256 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.33 
 
 
259 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.33 
 
 
259 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.79 
 
 
261 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.38 
 
 
262 aa  235  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.62 
 
 
265 aa  235  6e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.56 
 
 
257 aa  234  9e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.59 
 
 
281 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45 
 
 
261 aa  233  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.45 
 
 
262 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  45.95 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.74 
 
 
261 aa  232  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.56 
 
 
262 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.21 
 
 
262 aa  231  8.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.74 
 
 
257 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.4 
 
 
261 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.54 
 
 
263 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.74 
 
 
265 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
267 aa  228  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.12 
 
 
260 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.01 
 
 
261 aa  226  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
272 aa  225  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.61 
 
 
266 aa  225  8e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.35 
 
 
257 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  45.7 
 
 
263 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.17 
 
 
252 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.83 
 
 
261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
261 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.23 
 
 
261 aa  216  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.37 
 
 
259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.92 
 
 
263 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.22 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
262 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.22 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.22 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.61 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.21 
 
 
252 aa  195  9e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.31 
 
 
261 aa  194  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
258 aa  194  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.45 
 
 
258 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
258 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
253 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3859  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.45 
 
 
259 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.11 
 
 
257 aa  188  8e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
258 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0412678  normal  0.59225 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.28 
 
 
258 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>