More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1408 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
281 aa  577  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  94.66 
 
 
262 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  92.75 
 
 
262 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  88.55 
 
 
262 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  86.21 
 
 
262 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  85.17 
 
 
263 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  84.35 
 
 
262 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  78.76 
 
 
261 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  79.84 
 
 
261 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.29 
 
 
261 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.29 
 
 
261 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.68 
 
 
261 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  77.13 
 
 
261 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  77.91 
 
 
260 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  73.08 
 
 
261 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  73.46 
 
 
261 aa  390  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  73.36 
 
 
260 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  74.42 
 
 
261 aa  381  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.16 
 
 
261 aa  378  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  68.63 
 
 
258 aa  359  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  64.73 
 
 
261 aa  349  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  64.45 
 
 
258 aa  340  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.28 
 
 
258 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.1 
 
 
256 aa  331  6e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.45 
 
 
266 aa  327  1.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.63 
 
 
265 aa  325  6e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  58.78 
 
 
263 aa  306  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.96 
 
 
260 aa  305  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.92 
 
 
256 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.53 
 
 
257 aa  300  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.92 
 
 
256 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.78 
 
 
257 aa  298  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.49 
 
 
277 aa  295  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.24 
 
 
258 aa  293  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.36 
 
 
259 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.36 
 
 
259 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.75 
 
 
256 aa  290  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  55.21 
 
 
257 aa  290  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.79 
 
 
257 aa  289  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.36 
 
 
260 aa  289  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.53 
 
 
259 aa  288  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.83 
 
 
257 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60 
 
 
263 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.41 
 
 
265 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  56.2 
 
 
260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.43 
 
 
258 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.37 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.83 
 
 
257 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.51 
 
 
258 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.43 
 
 
259 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.73 
 
 
258 aa  281  9e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
260 aa  280  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.58 
 
 
261 aa  280  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
260 aa  280  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.43 
 
 
256 aa  280  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.26 
 
 
258 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.11 
 
 
260 aa  280  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.56 
 
 
256 aa  278  5e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.98 
 
 
256 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
256 aa  278  7e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.41 
 
 
258 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
256 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
256 aa  275  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.2 
 
 
260 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.92 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.78 
 
 
259 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.78 
 
 
259 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.65 
 
 
261 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.1 
 
 
256 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.33 
 
 
260 aa  264  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.44 
 
 
264 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.15 
 
 
256 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.49 
 
 
266 aa  246  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
260 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.15 
 
 
270 aa  236  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.29 
 
 
292 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.29 
 
 
292 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
266 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
272 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.33 
 
 
252 aa  229  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.25 
 
 
277 aa  221  8e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  41.86 
 
 
259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.23 
 
 
271 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.1 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.27 
 
 
261 aa  216  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.85 
 
 
250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.79 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.98 
 
 
263 aa  213  2.9999999999999995e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.95 
 
 
260 aa  211  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.24 
 
 
252 aa  209  3e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.46 
 
 
262 aa  209  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8513  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.59 
 
 
254 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.82683 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1807  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.51 
 
 
261 aa  209  6e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.02 
 
 
255 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7916  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.24 
 
 
260 aa  206  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.1 
 
 
258 aa  205  6e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4841  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.02 
 
 
251 aa  205  9e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
261 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>