More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5197 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  534  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  534  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  90.8 
 
 
261 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  78.85 
 
 
261 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  78.93 
 
 
261 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.1 
 
 
261 aa  428  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.45 
 
 
263 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  74.62 
 
 
262 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.29 
 
 
281 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.68 
 
 
262 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  74.9 
 
 
262 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75.68 
 
 
262 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  73.64 
 
 
262 aa  407  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.38 
 
 
261 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.66 
 
 
260 aa  391  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  70.11 
 
 
261 aa  381  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  68.85 
 
 
261 aa  377  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  67.05 
 
 
260 aa  371  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  66.28 
 
 
261 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  64.31 
 
 
258 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.22 
 
 
261 aa  352  2e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  64.71 
 
 
258 aa  352  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.89 
 
 
258 aa  349  3e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  60.94 
 
 
256 aa  336  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.46 
 
 
257 aa  316  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  58.98 
 
 
263 aa  315  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.37 
 
 
265 aa  314  8e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.59 
 
 
260 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.76 
 
 
266 aa  310  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  58.08 
 
 
257 aa  308  5e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.33 
 
 
263 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.54 
 
 
257 aa  298  8e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.9 
 
 
277 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.15 
 
 
257 aa  295  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.54 
 
 
265 aa  295  4e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.59 
 
 
261 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.41 
 
 
288 aa  293  3e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.98 
 
 
256 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.94 
 
 
259 aa  291  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.94 
 
 
259 aa  291  5e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.79 
 
 
256 aa  291  7e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.53 
 
 
260 aa  290  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.79 
 
 
256 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.05 
 
 
259 aa  287  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.21 
 
 
259 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.05 
 
 
260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  55.98 
 
 
260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.94 
 
 
256 aa  285  7e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.26 
 
 
258 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.62 
 
 
257 aa  281  9e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.08 
 
 
258 aa  278  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.46 
 
 
258 aa  277  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.46 
 
 
258 aa  277  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.42 
 
 
259 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.42 
 
 
259 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.85 
 
 
260 aa  275  6e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.31 
 
 
257 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.11 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.26 
 
 
258 aa  272  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.15 
 
 
256 aa  270  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.74 
 
 
256 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.35 
 
 
256 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.09 
 
 
260 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.76 
 
 
260 aa  268  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.76 
 
 
260 aa  268  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.08 
 
 
256 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.49 
 
 
256 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.49 
 
 
258 aa  266  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
261 aa  265  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.45 
 
 
256 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.72 
 
 
256 aa  264  8.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.75 
 
 
264 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.94 
 
 
256 aa  262  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.46 
 
 
266 aa  261  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
292 aa  250  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
292 aa  248  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
260 aa  246  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.54 
 
 
292 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
266 aa  241  7e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.38 
 
 
270 aa  239  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.98 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.42 
 
 
263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.05 
 
 
258 aa  228  8e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  41.09 
 
 
259 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.44 
 
 
252 aa  223  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.3 
 
 
261 aa  221  9.999999999999999e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.33 
 
 
272 aa  219  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.57 
 
 
262 aa  219  5e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.35 
 
 
258 aa  218  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
258 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
258 aa  217  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
258 aa  217  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.58 
 
 
252 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
258 aa  216  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
258 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.63 
 
 
258 aa  216  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.73 
 
 
271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3859  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.19 
 
 
259 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1807  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.53 
 
 
261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>