More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4091 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  524  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1976  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60.78 
 
 
261 aa  334  7e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1324  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.2 
 
 
260 aa  330  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.81 
 
 
255 aa  315  3e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00926  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.77 
 
 
252 aa  282  5.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0885199  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.65 
 
 
258 aa  246  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.84 
 
 
256 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.64 
 
 
258 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.49 
 
 
252 aa  236  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.49 
 
 
257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.08 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.47 
 
 
258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.09 
 
 
277 aa  229  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.92 
 
 
252 aa  230  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.88 
 
 
266 aa  229  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.89 
 
 
261 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  45.25 
 
 
263 aa  229  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.42 
 
 
261 aa  228  7e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.49 
 
 
252 aa  227  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.38 
 
 
260 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.15 
 
 
261 aa  225  5.0000000000000005e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.49 
 
 
258 aa  224  8e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.95 
 
 
260 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.25 
 
 
257 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.48 
 
 
260 aa  223  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.14 
 
 
265 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  43.73 
 
 
257 aa  223  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.63 
 
 
257 aa  222  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45 
 
 
261 aa  221  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.47 
 
 
265 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.59 
 
 
258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.64 
 
 
262 aa  219  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.55 
 
 
257 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.23 
 
 
261 aa  218  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.25 
 
 
261 aa  218  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.35 
 
 
261 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.35 
 
 
261 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.55 
 
 
261 aa  217  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.1 
 
 
281 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.91 
 
 
261 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.35 
 
 
256 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.31 
 
 
262 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.92 
 
 
263 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.14 
 
 
262 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.71 
 
 
262 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.94 
 
 
261 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.1 
 
 
262 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.83 
 
 
261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.55 
 
 
261 aa  212  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.75 
 
 
262 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.37 
 
 
262 aa  210  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.68 
 
 
259 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  210  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.68 
 
 
259 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  209  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  209  3e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.37 
 
 
258 aa  209  3e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  209  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.35 
 
 
260 aa  209  5e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.17 
 
 
256 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.35 
 
 
260 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.46 
 
 
258 aa  208  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.88 
 
 
258 aa  208  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4841  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.88 
 
 
251 aa  208  8e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
258 aa  207  9e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0412678  normal  0.59225 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.7 
 
 
260 aa  207  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.92 
 
 
271 aa  207  1e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.36 
 
 
258 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.91 
 
 
263 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0494  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.83 
 
 
260 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
258 aa  206  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.17 
 
 
256 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1807  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.69 
 
 
261 aa  205  5e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.75 
 
 
261 aa  205  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3859  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
259 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  44.11 
 
 
260 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.15 
 
 
256 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.7 
 
 
257 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.31 
 
 
261 aa  203  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.69 
 
 
277 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.38 
 
 
261 aa  203  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7916  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.88 
 
 
260 aa  202  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.91 
 
 
257 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.07 
 
 
260 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.8 
 
 
259 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.75 
 
 
288 aa  201  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.97 
 
 
256 aa  201  9e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.41 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.77 
 
 
264 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1797  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.27 
 
 
260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.142794  hitchhiker  0.000139658 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.13 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.09 
 
 
263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
253 aa  199  5e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.545758  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2411  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.48 
 
 
260 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.520745  normal  0.812558 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.67 
 
 
260 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3788  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.72 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.64758  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.67 
 
 
260 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6202  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.09 
 
 
260 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.554491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>