More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6971 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  533  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  89.23 
 
 
262 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  86.21 
 
 
262 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  85.17 
 
 
281 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  84.56 
 
 
262 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  82.76 
 
 
262 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  81.54 
 
 
261 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  82.69 
 
 
262 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  82.56 
 
 
261 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  79.15 
 
 
261 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.45 
 
 
261 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.45 
 
 
261 aa  418  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  76.06 
 
 
261 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  78.68 
 
 
260 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  75 
 
 
261 aa  404  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  71.92 
 
 
261 aa  387  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  74.81 
 
 
261 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  74.13 
 
 
260 aa  385  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  68.6 
 
 
261 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  66.67 
 
 
258 aa  351  8e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.23 
 
 
258 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.12 
 
 
261 aa  339  2e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.28 
 
 
258 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.35 
 
 
256 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.69 
 
 
265 aa  317  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.16 
 
 
266 aa  311  4.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  60 
 
 
263 aa  311  9e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.57 
 
 
260 aa  310  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.92 
 
 
257 aa  302  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.62 
 
 
257 aa  300  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.1 
 
 
277 aa  294  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.69 
 
 
259 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.69 
 
 
259 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.37 
 
 
256 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.62 
 
 
260 aa  291  5e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  56.11 
 
 
257 aa  291  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.37 
 
 
256 aa  289  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60.78 
 
 
263 aa  288  7e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.75 
 
 
256 aa  287  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.76 
 
 
259 aa  285  4e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.92 
 
 
257 aa  285  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.21 
 
 
288 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.72 
 
 
261 aa  285  7e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.92 
 
 
259 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.81 
 
 
256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.2 
 
 
256 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.2 
 
 
256 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.98 
 
 
256 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.58 
 
 
257 aa  279  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.6 
 
 
256 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.05 
 
 
258 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.82 
 
 
265 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.05 
 
 
257 aa  275  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
258 aa  275  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.62 
 
 
258 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.78 
 
 
259 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.78 
 
 
259 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.67 
 
 
258 aa  271  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.1 
 
 
256 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.49 
 
 
256 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.26 
 
 
258 aa  266  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.82 
 
 
260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.51 
 
 
258 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.71 
 
 
260 aa  266  4e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  53.88 
 
 
260 aa  265  7e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.44 
 
 
260 aa  265  8e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.37 
 
 
256 aa  263  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.11 
 
 
260 aa  260  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.11 
 
 
260 aa  260  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.78 
 
 
256 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.94 
 
 
264 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.96 
 
 
261 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.39 
 
 
256 aa  247  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.49 
 
 
266 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
266 aa  235  6e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
272 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.92 
 
 
292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
260 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.92 
 
 
292 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.54 
 
 
292 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.39 
 
 
270 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.72 
 
 
252 aa  224  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  41.47 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.89 
 
 
261 aa  219  5e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.33 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.45 
 
 
263 aa  215  5e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.91 
 
 
277 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.92 
 
 
258 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.32 
 
 
255 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.85 
 
 
271 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.92 
 
 
252 aa  212  3.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.12 
 
 
260 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.49 
 
 
258 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8513  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.69 
 
 
254 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.82683 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.38 
 
 
250 aa  206  4e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
261 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.46 
 
 
262 aa  205  6e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1976  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.37 
 
 
261 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.98 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.61 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>