More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3335 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  100 
 
 
260 aa  531  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  69.26 
 
 
263 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  65.1 
 
 
257 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  67.97 
 
 
263 aa  350  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  63.14 
 
 
257 aa  343  1e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  64.71 
 
 
260 aa  342  5e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.04 
 
 
257 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.04 
 
 
265 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.53 
 
 
261 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.67 
 
 
261 aa  336  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.75 
 
 
257 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.33 
 
 
261 aa  332  5e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.72 
 
 
261 aa  331  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.59 
 
 
261 aa  328  7e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.59 
 
 
261 aa  328  7e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.54 
 
 
260 aa  325  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  63.92 
 
 
262 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.5 
 
 
262 aa  325  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.11 
 
 
258 aa  325  5e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.57 
 
 
263 aa  325  6e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60 
 
 
261 aa  319  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  61.96 
 
 
281 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  62.89 
 
 
256 aa  318  5e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60.39 
 
 
262 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.43 
 
 
261 aa  316  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60.78 
 
 
262 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.61 
 
 
258 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.61 
 
 
262 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.61 
 
 
258 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.82 
 
 
261 aa  304  8.000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.25 
 
 
277 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.2 
 
 
265 aa  301  5.000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.77 
 
 
261 aa  298  6e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.2 
 
 
261 aa  296  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.81 
 
 
266 aa  296  2e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  60.16 
 
 
261 aa  295  6e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.3 
 
 
260 aa  294  9e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.54 
 
 
256 aa  290  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.08 
 
 
259 aa  289  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55 
 
 
260 aa  286  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.47 
 
 
256 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  56.25 
 
 
257 aa  281  6.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  53.85 
 
 
260 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.69 
 
 
288 aa  276  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.12 
 
 
258 aa  277  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.85 
 
 
259 aa  275  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.85 
 
 
259 aa  275  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.12 
 
 
258 aa  274  9e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.13 
 
 
259 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.33 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.49 
 
 
258 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.11 
 
 
258 aa  271  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  55.04 
 
 
256 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.15 
 
 
256 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.89 
 
 
264 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.54 
 
 
260 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.54 
 
 
260 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.34 
 
 
261 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  54.65 
 
 
256 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.73 
 
 
256 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.27 
 
 
260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.34 
 
 
256 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.77 
 
 
256 aa  265  5e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.17 
 
 
257 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.54 
 
 
256 aa  263  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.78 
 
 
266 aa  261  6e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.85 
 
 
259 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.85 
 
 
259 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.39 
 
 
258 aa  259  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  53.91 
 
 
256 aa  259  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.77 
 
 
256 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.38 
 
 
260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  52.31 
 
 
256 aa  256  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.39 
 
 
256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
292 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
266 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.46 
 
 
260 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.05 
 
 
270 aa  244  8e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.39 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50 
 
 
252 aa  239  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
272 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4091  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.38 
 
 
258 aa  236  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.894673  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.27 
 
 
258 aa  234  8e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  42.75 
 
 
259 aa  229  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.12 
 
 
252 aa  226  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
258 aa  224  1e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0412678  normal  0.59225 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1976  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.19 
 
 
261 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.02 
 
 
255 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1324  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.88 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.75 
 
 
277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.48 
 
 
257 aa  209  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7916  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.48 
 
 
260 aa  207  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.14 
 
 
261 aa  206  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.67 
 
 
263 aa  207  2e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.53 
 
 
271 aa  206  4e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.31 
 
 
262 aa  205  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.31 
 
 
262 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>