More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2358 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2358  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 483 aa  961    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0435  transcriptional regulator, LuxR family  55.53 
 
 		 470 aa  496  1e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000202079 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2151  two component LuxR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2532  transcriptional regulator, LuxR family  26.62 
 
 		 500 aa  57  0.0000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  31.53 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0473  transcriptional regulator, LuxR family  41.03 
 
 		 488 aa  55.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.815594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  51.85 
 
 		 556 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1698  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 207 aa  55.1  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.126193 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0365  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 199 aa  54.7  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.210231  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5144  transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 918 aa  55.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03610  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  44.23 
 
 		 470 aa  55.1  0.000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.166414  normal  0.0491532 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4029  ATPase-like protein  47.06 
 
 		 758 aa  55.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00633058  normal  0.086403 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  34.44 
 
 		 522 aa  54.7  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  45.45 
 
 		 217 aa  54.7  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.47 
 
 		 889 aa  54.3  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1181  response regulator, positive activator of uhpT transcription  47.37 
 
 		 318 aa  54.3  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000041551  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2114  transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 191 aa  54.3  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000451621  normal  0.459179 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2041  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 927 aa  54.3  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111867  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  47.37 
 
 		 207 aa  53.9  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1270  LuxR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 421 aa  53.9  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000582862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4328  transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 		 260 aa  53.9  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000000127099  normal  0.0225245 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4238  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 919 aa  53.5  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3999  transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 		 260 aa  53.9  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  54 
 
 		 213 aa  53.9  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 221 aa  53.5  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2108  transcriptional regulator, LuxR family  37.8 
 
 		 516 aa  53.1  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00926757  normal  0.183235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 222 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 550 aa  52.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1210  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.14 
 
 		 198 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 210 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 368 aa  53.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4714  transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 929 aa  53.1  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 214 aa  52.8  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  44.64 
 
 		 210 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 207 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  44.64 
 
 		 218 aa  53.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0676  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.97 
 
 		 215 aa  52.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  40.68 
 
 		 221 aa  52.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 258 aa  52.4  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 232 aa  52.4  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0506  transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 519 aa  52.4  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274884 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13310  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  33.33 
 
 		 469 aa  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0175254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 904 aa  52.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  52 
 
 		 905 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0475  regulatory protein LuxR  38.27 
 
 		 271 aa  52.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  47.27 
 
 		 867 aa  52.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27360  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.82 
 
 		 517 aa  52.4  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0445329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  37.25 
 
 		 914 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 224 aa  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 204 aa  52.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 221 aa  52.4  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4986  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 237 aa  51.6  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170484  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.93 
 
 		 218 aa  51.6  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2326  ATP-dependent transcription regulator LuxR  46.15 
 
 		 981 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645479 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0157  transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 321 aa  52  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 224 aa  52  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  43.33 
 
 		 337 aa  51.6  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  48 
 
 		 204 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26890  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  23.57 
 
 		 515 aa  51.2  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03511  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  49.06 
 
 		 103 aa  51.2  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0867403  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2655  transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 470 aa  51.2  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.149331 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 226 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 454 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  38.38 
 
 		 234 aa  50.8  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 218 aa  50.8  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  45.1 
 
 		 471 aa  50.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0976  transcriptional regulator, LuxR family  35.82 
 
 		 501 aa  51.2  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.018057 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.83 
 
 		 222 aa  50.8  0.00005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 215 aa  50.8  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 950 aa  50.8  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.94 
 
 		 221 aa  50.8  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4437  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 218 aa  50.4  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.784745  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  36.23 
 
 		 223 aa  50.4  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0602  transcriptional regulator, LuxR family protein  48.08 
 
 		 210 aa  50.4  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126322  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 215 aa  50.4  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  35.42 
 
 		 226 aa  50.4  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13650  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 464 aa  50.4  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  43.55 
 
 		 222 aa  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 		 981 aa  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5143  transcriptional regulator, LuxR family  37.74 
 
 		 903 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497829  normal  0.980659 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  41.18 
 
 		 213 aa  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 214 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  50 
 
 		 262 aa  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 266 aa  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  38.81 
 
 		 218 aa  50.1  0.00009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 894 aa  50.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 491 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  47.92 
 
 		 933 aa  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0653  LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 206 aa  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.203226 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  48 
 
 		 218 aa  50.1  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1532  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 220 aa  49.7  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0114765  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  44 
 
 		 215 aa  49.7  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2270  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 242 aa  49.7  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000113212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3380  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 259 aa  49.3  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277634 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3592  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 235 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1037  transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 363 aa  49.7  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2488  LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 359 aa  49.7  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008035 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00480  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  39.62 
 
 		 606 aa  49.3  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00118843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5905  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 227 aa  49.7  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0252894  normal  0.145246 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4554  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 245 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.376132  normal  0.833141 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>