More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1181 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1181  response regulator, positive activator of uhpT transcription  100 
 
 		 318 aa  635    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000041551  decreased coverage  0.008996 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0606  transcriptional regulator, LuxR family  35.59 
 
 		 506 aa  72  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.290399 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2114  transcriptional regulator, LuxR family  47.83 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000451621  normal  0.459179 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0406  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 486 aa  62.8  0.000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0269651 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3022  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  36.71 
 
 		 485 aa  62.4  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.709367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 522 aa  62.4  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17340  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  51.92 
 
 		 232 aa  62  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04820  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  51.72 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.465009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4437  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.94 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.784745  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02650  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  32.53 
 
 		 505 aa  60.5  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3033  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.666463  hitchhiker  0.000783277 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0269  transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 		 499 aa  60.1  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.9 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1737  regulatory protein LuxR  55.77 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117285  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0322  DNA-binding response regulator  45.07 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2723  transcriptional regulator, LuxR family  31.01 
 
 		 509 aa  59.7  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.397924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1837  transcriptional regulator, LuxR family  35.23 
 
 		 487 aa  59.3  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0277  response regulator receiver protein  29.09 
 
 		 833 aa  59.3  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0649  LuxR family two component transcriptional regulator  51.92 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.93281  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 217 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2925  transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  50 
 
 		 91 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0915  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 		 223 aa  58.9  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  51.92 
 
 		 212 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4986  two component LuxR family transcriptional regulator  58 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170484  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1769  putative response regulator  50 
 
 		 231 aa  58.5  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2604  transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 74 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  53.85 
 
 		 228 aa  58.9  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2532  transcriptional regulator, LuxR family  29.13 
 
 		 500 aa  58.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0277  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 228 aa  58.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0542563  normal  0.0298075 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3205  response regulator receiver protein  52.73 
 
 		 74 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.826126  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4226  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 		 210 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 228 aa  58.9  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0500  transcriptional regulator, LuxR family  34.04 
 
 		 487 aa  58.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.472786 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0626  germination protein GerE  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4385  germination protein GerE  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4226  germination protein  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4238  germination protein  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4724  germination protein GerE  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.105908  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2609  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 562 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000030036  hitchhiker  0.00837555 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  50 
 
 		 90 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4629  germination protein GerE  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4609  germination protein GerE  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4329  LuxR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 74 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 217 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  50 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2543  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.473476  normal  0.787864 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1431  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 498 aa  57.4  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0577596  normal  0.857351 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1015  transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 509 aa  57.8  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.221092  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22730  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.18 
 
 		 502 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  48.28 
 
 		 90 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 92 aa  57  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3606  regulatory protein, LuxR  50 
 
 		 229 aa  57  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.527821  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0846  transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 74 aa  57  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1255  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.94 
 
 		 219 aa  57  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.490147  normal  0.40644 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  35.82 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1382  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  47.95 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0985  transcriptional regulator, LuxR family  35.9 
 
 		 476 aa  56.2  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.880452 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1792  hypothetical protein  38.82 
 
 		 554 aa  56.6  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00820192  hitchhiker  0.00105641 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2357  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  47.17 
 
 		 916 aa  56.2  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27360  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.44 
 
 		 517 aa  56.2  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0445329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  50.94 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1038  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.942109  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 550 aa  56.2  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3102  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.774177  normal  0.15342 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1854  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1387  DNA-binding response regulator  52.94 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00141106  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  46.43 
 
 		 827 aa  55.8  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02050  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 541 aa  55.8  0.0000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0108  transcriptional regulator, LuxR family  34.04 
 
 		 493 aa  55.8  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.44109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2290  transcriptional regulator, LuxR family  37.78 
 
 		 493 aa  55.8  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.10968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2762  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  40.28 
 
 		 520 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0436  transcriptional regulator, LuxR family  35.62 
 
 		 501 aa  55.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13460  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  30.93 
 
 		 472 aa  55.1  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.1 
 
 		 211 aa  55.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3390  LuxR family two component transcriptional regulator  45.9 
 
 		 228 aa  55.5  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.269937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 556 aa  55.1  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1095  transcriptional regulator, LuxR family  41.56 
 
 		 919 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.860504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  42.47 
 
 		 119 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  41.51 
 
 		 206 aa  55.5  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  38.81 
 
 		 337 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5233  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 223 aa  55.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114456  hitchhiker  0.000738291 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25010  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  35.06 
 
 		 484 aa  55.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 222 aa  55.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05580  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  30.77 
 
 		 512 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.735856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1129  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 231 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 202 aa  54.3  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2079  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 212 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3766  response regulator receiver protein  42 
 
 		 539 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484632  normal  0.834357 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28320  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  46.15 
 
 		 220 aa  55.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 506 aa  54.7  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06810  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  34.52 
 
 		 520 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.521043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>