More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_647 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_647  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 284 aa  587  1e-167  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.55502  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0670  diaminopimelate epimerase  94.72 
 
 		 284 aa  539  9.999999999999999e-153  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0136739  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0740  diaminopimelate epimerase  92.96 
 
 		 284 aa  531  1e-150  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00112553  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  44.29 
 
 		 284 aa  237  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  43.82 
 
 		 277 aa  236  2e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  43.11 
 
 		 277 aa  235  8e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  42.76 
 
 		 277 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  43.86 
 
 		 284 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  43.01 
 
 		 278 aa  231  9e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  42.61 
 
 		 287 aa  230  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  43.82 
 
 		 282 aa  226  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  42.76 
 
 		 282 aa  226  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 278 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  41.67 
 
 		 280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  41.2 
 
 		 277 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  39.3 
 
 		 278 aa  219  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 292 aa  218  6e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  40.64 
 
 		 280 aa  218  7.999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 278 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  41.55 
 
 		 282 aa  216  4e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  44.83 
 
 		 279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  39.58 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  40.58 
 
 		 269 aa  209  3e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  40.78 
 
 		 279 aa  210  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  39.22 
 
 		 281 aa  209  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 279 aa  208  8e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  39.65 
 
 		 281 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  44.1 
 
 		 279 aa  206  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000673594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1913  Diaminopimelate epimerase  37.7 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  40.36 
 
 		 278 aa  203  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  40.14 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  36.61 
 
 		 407 aa  199  3e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  40.43 
 
 		 280 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  38.65 
 
 		 278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  38.1 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 278 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  38.23 
 
 		 286 aa  195  8.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  37.67 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  37.46 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  38.89 
 
 		 355 aa  193  2e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 274 aa  194  2e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08761  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 		 284 aa  193  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0472927  hitchhiker  0.000801401 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  37.88 
 
 		 286 aa  193  3e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  38.03 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  38.06 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  38.46 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  38.03 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  39.51 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  37.15 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  38.93 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  37.5 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  36.04 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  38.93 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  39.52 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  37.68 
 
 		 288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  36.52 
 
 		 277 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  37.98 
 
 		 290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 		 276 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  37.63 
 
 		 286 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  36.3 
 
 		 275 aa  182  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  38.18 
 
 		 269 aa  182  7e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  36.97 
 
 		 274 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  36.49 
 
 		 308 aa  181  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  38.46 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  38.11 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  37.02 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  35.92 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 277 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 288 aa  178  7e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 288 aa  178  8e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  35.23 
 
 		 277 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  37.24 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  37.5 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>