116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_558 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  85.75 
 
 		 379 aa  657    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  87.07 
 
 		 379 aa  685    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  100 
 
 		 379 aa  779    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  30.18 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  27.3 
 
 		 387 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1024  hypothetical protein  27.86 
 
 		 387 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.115422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0777  hypothetical protein  27.11 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0825  hypothetical protein  27.79 
 
 		 387 aa  103  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0799374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0715  hypothetical protein  27.79 
 
 		 387 aa  102  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0636  hypothetical protein  27.3 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0903  hypothetical protein  27.79 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0308  exonuclease-like protein  25.83 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000290112  hitchhiker  0.00000170332 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  28.69 
 
 		 1052 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  23.5 
 
 		 1019 aa  80.1  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  26.73 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  22.71 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  25.67 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  23.81 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  22.7 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0952  hypothetical protein  27.86 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  24.48 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  25.78 
 
 		 267 aa  72  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  28.74 
 
 		 1059 aa  71.2  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  24.6 
 
 		 276 aa  70.1  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0453  hypothetical protein  27.56 
 
 		 276 aa  67  0.0000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0515112  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  26.25 
 
 		 920 aa  67  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2634  RecB family exonuclease  24.25 
 
 		 303 aa  67  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  25.85 
 
 		 1016 aa  66.6  0.0000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0207  UvrD/REP helicase  25.09 
 
 		 970 aa  66.6  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.00182272  decreased coverage  0.0000000525372 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2921  hypothetical protein  26.25 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  25.91 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 1076 aa  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2601  hypothetical protein  27.17 
 
 		 263 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.718705  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  25.19 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  26.55 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  26.55 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  26.55 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 946 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 946 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.9 
 
 		 1124 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  22.39 
 
 		 1060 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  24.05 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  24.29 
 
 		 302 aa  62  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 		 1062 aa  61.2  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  26.98 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  23.77 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1066  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 1048 aa  60.1  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  31.97 
 
 		 1040 aa  59.7  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3553  hypothetical protein  25.57 
 
 		 279 aa  59.3  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.912866  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  23.2 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2313  UvrD/REP helicase  23.19 
 
 		 984 aa  59.3  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.976943 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  23.99 
 
 		 266 aa  58.9  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  25.47 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  24.51 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.43 
 
 		 1051 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  30.37 
 
 		 1038 aa  57  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 		 1197 aa  57  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_256  UvrD/REP helicase  22.3 
 
 		 972 aa  57  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000753871  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  26.89 
 
 		 297 aa  57  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  24.44 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  24.54 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  24.28 
 
 		 1098 aa  56.2  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  26.24 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  35.37 
 
 		 991 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  28.85 
 
 		 1055 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4407  ATP-dependent nuclease subunit B-like  22.37 
 
 		 1045 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.57 
 
 		 1058 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  26.05 
 
 		 302 aa  55.8  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3814  hypothetical protein  25.4 
 
 		 284 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.18541  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  25.3 
 
 		 1038 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  25.09 
 
 		 278 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 1094 aa  54.7  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  23.94 
 
 		 298 aa  55.1  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  29.27 
 
 		 803 aa  53.5  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  24.26 
 
 		 286 aa  53.5  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  29.73 
 
 		 786 aa  53.1  0.000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1855  putative RecB family exonuclease  24.03 
 
 		 294 aa  53.1  0.000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  26.72 
 
 		 865 aa  52.4  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  23.81 
 
 		 1051 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  23.81 
 
 		 1051 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  28.03 
 
 		 291 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  24.7 
 
 		 1074 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  23.17 
 
 		 1044 aa  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  23.2 
 
 		 1095 aa  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  24 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  23.81 
 
 		 1051 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  24.51 
 
 		 295 aa  50.8  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 1135 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  24.73 
 
 		 993 aa  49.7  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 		 1099 aa  49.7  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 		 1106 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  26.83 
 
 		 890 aa  48.5  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  30.36 
 
 		 1106 aa  48.5  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  28.92 
 
 		 783 aa  48.1  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  48.89 
 
 		 991 aa  47.8  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3266  DNA-dependent ATPase I and helicase II  21.33 
 
 		 1041 aa  47.8  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.951374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2030  hypothetical protein  33.65 
 
 		 105 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.94086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  23.46 
 
 		 1134 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0930  UvrD/REP helicase  23.65 
 
 		 932 aa  47.4  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0490168  normal  0.240502 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  24.65 
 
 		 1060 aa  47.4  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>