92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2222 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  100 
 
 
297 aa  590  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  74.91 
 
 
333 aa  421  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  68.15 
 
 
277 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  68.15 
 
 
277 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  68.15 
 
 
277 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  65.69 
 
 
291 aa  345  4e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  64.08 
 
 
304 aa  345  7e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  63.04 
 
 
278 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2676  hypothetical protein  63.14 
 
 
320 aa  323  3e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  62.69 
 
 
299 aa  322  4e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  60.31 
 
 
311 aa  310  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  62.02 
 
 
286 aa  308  9e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2634  RecB family exonuclease  61.69 
 
 
303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  60.39 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2353  hypothetical protein  58.12 
 
 
303 aa  302  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.978382  normal  0.150681 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  55.4 
 
 
295 aa  300  2e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  56.09 
 
 
351 aa  297  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  60.15 
 
 
334 aa  295  5e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1855  putative RecB family exonuclease  56.7 
 
 
294 aa  287  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  57.36 
 
 
267 aa  286  4e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  54.83 
 
 
323 aa  281  1e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  56.54 
 
 
266 aa  280  2e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  54.21 
 
 
302 aa  279  5e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  58.2 
 
 
295 aa  278  8e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  51.87 
 
 
280 aa  271  8.000000000000001e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  53.08 
 
 
273 aa  270  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20930  RecB family exonuclease  52.55 
 
 
297 aa  268  1e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.466535  normal  0.903432 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  52.57 
 
 
284 aa  267  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13930  RecB family exonuclease  51.38 
 
 
313 aa  265  8.999999999999999e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199879  normal  0.841258 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  44.79 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  35.34 
 
 
259 aa  130  3e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_39374  predicted protein  26.32 
 
 
366 aa  84  0.000000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 
1019 aa  81.3  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  22.89 
 
 
411 aa  79  0.00000000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4397  hypothetical protein  25.75 
 
 
615 aa  75.9  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.272271 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  28.47 
 
 
293 aa  72.4  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  30.07 
 
 
276 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0308  exonuclease-like protein  24.11 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000290112  hitchhiker  0.00000170332 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  24.09 
 
 
1016 aa  66.6  0.0000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  29.54 
 
 
302 aa  66.2  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  28.83 
 
 
302 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2712  hypothetical protein  26.3 
 
 
543 aa  64.3  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000442298  hitchhiker  0.0000400817 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  25.78 
 
 
306 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
1052 aa  63.5  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  26.2 
 
 
279 aa  63.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  27.5 
 
 
379 aa  62.8  0.000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  26.74 
 
 
286 aa  61.6  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  26.35 
 
 
379 aa  58.5  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  27.17 
 
 
287 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  29.82 
 
 
387 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.48 
 
 
1048 aa  55.8  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  29.82 
 
 
1094 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  26.45 
 
 
312 aa  55.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  31.9 
 
 
988 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1156  hypothetical protein  27.38 
 
 
865 aa  54.3  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5053  hypothetical protein  24.81 
 
 
267 aa  53.1  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.609849 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  25.65 
 
 
781 aa  51.2  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0453  hypothetical protein  23.48 
 
 
276 aa  51.2  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0515112  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  26.07 
 
 
379 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1024  hypothetical protein  30.66 
 
 
387 aa  49.3  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.115422  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  27.78 
 
 
1061 aa  48.9  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0825  hypothetical protein  30.29 
 
 
387 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0799374  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3814  hypothetical protein  28.18 
 
 
284 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.18541  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0282  hypothetical protein  23.51 
 
 
279 aa  47.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2601  hypothetical protein  26.14 
 
 
263 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.718705  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0715  hypothetical protein  30.29 
 
 
387 aa  47.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0903  hypothetical protein  30.29 
 
 
387 aa  47.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  31.11 
 
 
783 aa  47  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  27.37 
 
 
1106 aa  47  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0636  hypothetical protein  30.18 
 
 
387 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  21.48 
 
 
803 aa  45.4  0.001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  34.09 
 
 
958 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  28.66 
 
 
986 aa  45.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08480  RecB family exonuclease  30.19 
 
 
889 aa  44.3  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.198348 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 
1099 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  25 
 
 
1059 aa  44.3  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  25.58 
 
 
934 aa  44.3  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 
1038 aa  43.5  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.65 
 
 
1066 aa  43.5  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
1115 aa  43.5  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1310  hypothetical protein  19.77 
 
 
247 aa  43.5  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.251322  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0777  hypothetical protein  28.57 
 
 
387 aa  43.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3266  DNA-dependent ATPase I and helicase II  25.39 
 
 
1041 aa  43.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.951374  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1321  methyltransferase type 11  23.79 
 
 
915 aa  43.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  37.78 
 
 
781 aa  43.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  28.35 
 
 
908 aa  43.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 
1038 aa  42.7  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  27.7 
 
 
997 aa  42.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  47.62 
 
 
919 aa  42.4  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  34.38 
 
 
1101 aa  42.4  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  28.27 
 
 
855 aa  42.4  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  30.67 
 
 
977 aa  42.4  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.786725 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>