More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_27650 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  42.06 
 
 		 1059 aa  767    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  53.64 
 
 		 1076 aa  880    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  100 
 
 		 1124 aa  2146    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  48.29 
 
 		 1085 aa  719    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  44.88 
 
 		 1098 aa  638    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  53.84 
 
 		 1197 aa  972    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  38.82 
 
 		 1115 aa  582  1e-164  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  38.86 
 
 		 1150 aa  562  1e-158  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  40 
 
 		 1144 aa  534  1e-150  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  39.88 
 
 		 1095 aa  531  1e-149  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 1060 aa  501  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  38.32 
 
 		 1040 aa  503  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.67 
 
 		 1066 aa  497  1e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.99 
 
 		 1145 aa  497  1e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  37.82 
 
 		 1059 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.78 
 
 		 1051 aa  488  1e-136  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  37.7 
 
 		 1074 aa  480  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  39.04 
 
 		 1050 aa  476  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  39.34 
 
 		 1062 aa  469  9.999999999999999e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.01 
 
 		 1083 aa  464  1e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  36.27 
 
 		 1055 aa  433  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  35.43 
 
 		 1129 aa  417  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  36.55 
 
 		 1038 aa  419  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  32.73 
 
 		 1134 aa  400  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  41.09 
 
 		 1044 aa  395  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  43.29 
 
 		 1096 aa  394  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  35.38 
 
 		 1051 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.86 
 
 		 1058 aa  388  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  34.36 
 
 		 1094 aa  375  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  35.17 
 
 		 1051 aa  369  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  35.17 
 
 		 1051 aa  369  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  34.06 
 
 		 1135 aa  363  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  33.15 
 
 		 1060 aa  357  5e-97  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  34.79 
 
 		 1103 aa  355  2.9999999999999997e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  33.48 
 
 		 1099 aa  344  4e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  39.86 
 
 		 1038 aa  136  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1154  hypothetical protein  27.53 
 
 		 1528 aa  125  4e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.193707 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0955  superfamily I DNA and RNA helicase  36.52 
 
 		 1428 aa  90.5  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  22.92 
 
 		 743 aa  76.3  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  23.35 
 
 		 706 aa  75.9  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 		 688 aa  75.5  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.76 
 
 		 1090 aa  75.5  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.07 
 
 		 729 aa  73.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  20.96 
 
 		 745 aa  72.8  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  22.24 
 
 		 946 aa  72  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  22.24 
 
 		 946 aa  72  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  23.31 
 
 		 787 aa  70.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.46 
 
 		 715 aa  70.1  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.87 
 
 		 739 aa  70.1  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 		 1162 aa  69.7  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 		 1128 aa  69.7  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 646 aa  69.3  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  25.81 
 
 		 379 aa  67.8  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  25.93 
 
 		 1108 aa  67.8  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  20.83 
 
 		 731 aa  67.8  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 1144 aa  67.4  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2868  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.34 
 
 		 665 aa  67  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2731  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.49 
 
 		 665 aa  66.6  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 1073 aa  66.6  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  26.22 
 
 		 726 aa  65.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10120  DNA/RNA helicase, superfamily I  22.99 
 
 		 841 aa  65.1  0.000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000454031 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 685 aa  65.1  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  20.03 
 
 		 714 aa  64.7  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  23.87 
 
 		 1016 aa  64.7  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  22.86 
 
 		 732 aa  63.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  20.45 
 
 		 666 aa  63.2  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  25.1 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  22.41 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  22.41 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  22.41 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  24.9 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  22.41 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  26.32 
 
 		 1132 aa  62.4  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  25.87 
 
 		 720 aa  62  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  26.27 
 
 		 1128 aa  62  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  22.41 
 
 		 720 aa  62  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0199  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.14 
 
 		 674 aa  61.6  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  60.8  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  60.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  60.8  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.26 
 
 		 673 aa  60.8  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.21 
 
 		 1023 aa  61.2  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  24.74 
 
 		 717 aa  60.8  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 1349 aa  60.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  28.85 
 
 		 1124 aa  60.8  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.26 
 
 		 673 aa  60.8  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.04 
 
 		 773 aa  60.8  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 725 aa  61.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  28.51 
 
 		 387 aa  61.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  61.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  21.59 
 
 		 657 aa  60.8  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  61.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  25.17 
 
 		 720 aa  60.1  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  21.84 
 
 		 741 aa  60.1  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  25 
 
 		 721 aa  60.1  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  22.28 
 
 		 720 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  22.28 
 
 		 720 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  21.26 
 
 		 673 aa  60.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>