More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0711 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1059 aa  2111    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  41.88 
 
 		 1124 aa  734    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  41.73 
 
 		 1076 aa  659    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  37.93 
 
 		 1085 aa  537  1e-151  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  35.05 
 
 		 1098 aa  488  1e-136  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  33.97 
 
 		 1115 aa  476  1e-133  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  39.37 
 
 		 1197 aa  465  1e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  34.18 
 
 		 1060 aa  441  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  33.16 
 
 		 1150 aa  434  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  33.82 
 
 		 1051 aa  432  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  33.15 
 
 		 1044 aa  427  1e-118  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.12 
 
 		 1083 aa  422  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.65 
 
 		 1145 aa  417  9.999999999999999e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  33.43 
 
 		 1040 aa  419  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  33.51 
 
 		 1144 aa  412  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.96 
 
 		 1066 aa  406  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  32.72 
 
 		 1074 aa  404  1e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 		 1059 aa  405  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  35.15 
 
 		 1096 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 1095 aa  399  1e-109  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  32.16 
 
 		 1050 aa  383  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  32.63 
 
 		 1062 aa  377  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  30.57 
 
 		 1055 aa  374  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  31.99 
 
 		 1094 aa  365  2e-99  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 1129 aa  342  2.9999999999999998e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  30.22 
 
 		 1038 aa  337  9e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  28.92 
 
 		 1134 aa  336  2e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  29.6 
 
 		 1038 aa  336  2e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.72 
 
 		 1058 aa  335  3e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  30.25 
 
 		 1051 aa  331  4e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  30.25 
 
 		 1051 aa  331  4e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 1051 aa  329  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  30.47 
 
 		 1103 aa  305  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  28.34 
 
 		 1135 aa  299  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  28.3 
 
 		 1099 aa  298  4e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 		 1060 aa  162  4e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0955  superfamily I DNA and RNA helicase  32.91 
 
 		 1428 aa  105  4e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1154  hypothetical protein  24.15 
 
 		 1528 aa  98.6  6e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.193707 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  25.21 
 
 		 1162 aa  85.5  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  26.14 
 
 		 1108 aa  82.8  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  26.35 
 
 		 907 aa  77.8  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  31.18 
 
 		 379 aa  77  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.69 
 
 		 1228 aa  75.1  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 		 1103 aa  75.1  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  19.74 
 
 		 722 aa  74.7  0.000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  30.18 
 
 		 379 aa  73.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  22.34 
 
 		 717 aa  72.4  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  24.68 
 
 		 1041 aa  72.4  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  28.74 
 
 		 379 aa  71.2  0.00000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 1073 aa  70.9  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  22.38 
 
 		 787 aa  69.7  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.13 
 
 		 739 aa  69.7  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  23.3 
 
 		 728 aa  69.3  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  22.8 
 
 		 727 aa  67.8  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  18.52 
 
 		 715 aa  67  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 1142 aa  66.6  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  22.2 
 
 		 726 aa  65.9  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  18.69 
 
 		 743 aa  65.5  0.000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  21.66 
 
 		 1019 aa  65.5  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  19.76 
 
 		 735 aa  65.1  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  19.1 
 
 		 666 aa  65.5  0.000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 719 aa  65.1  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 1089 aa  64.7  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  23.03 
 
 		 728 aa  64.7  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  23.74 
 
 		 725 aa  64.7  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  23.03 
 
 		 728 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  28.02 
 
 		 702 aa  64.7  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  25.4 
 
 		 710 aa  63.5  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.75 
 
 		 1111 aa  63.2  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  29.63 
 
 		 311 aa  63.2  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  22.69 
 
 		 727 aa  62.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  23.14 
 
 		 729 aa  62.4  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.12 
 
 		 802 aa  62.4  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 1032 aa  62.4  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  20.98 
 
 		 672 aa  62.4  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3266  DNA-dependent ATPase I and helicase II  19.57 
 
 		 1041 aa  62  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.951374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  26.01 
 
 		 1101 aa  61.6  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  29.49 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  24.09 
 
 		 1132 aa  61.2  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  24.22 
 
 		 1141 aa  61.2  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4751  UvrD/REP helicase family protein  26.01 
 
 		 907 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.736825  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  18.44 
 
 		 807 aa  60.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 		 1091 aa  60.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.7  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  22.07 
 
 		 720 aa  59.7  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  22.71 
 
 		 727 aa  59.7  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.84 
 
 		 1119 aa  59.7  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1496  UvrD/REP helicase  19.83 
 
 		 851 aa  59.3  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  21.17 
 
 		 726 aa  58.9  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  24.83 
 
 		 730 aa  59.3  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  22 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  25.47 
 
 		 1144 aa  59.3  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  20.55 
 
 		 745 aa  58.9  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>