More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4244 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  49.25 
 
 
1051 aa  784    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  49.5 
 
 
1074 aa  757    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  49.68 
 
 
1060 aa  793    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  45.51 
 
 
1050 aa  663    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  49.63 
 
 
1059 aa  771    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  49.35 
 
 
1044 aa  800    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1062 aa  2021    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  43.97 
 
 
1066 aa  649    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  45.45 
 
 
1095 aa  683    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  43.71 
 
 
1040 aa  655    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  49.91 
 
 
1144 aa  772    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  50.46 
 
 
1096 aa  762    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  41.62 
 
 
1134 aa  618  1e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  43.7 
 
 
1060 aa  592  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  42.03 
 
 
1135 aa  584  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  40.62 
 
 
1055 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  43.98 
 
 
1103 aa  558  1e-157  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  40.59 
 
 
1129 aa  547  1e-154  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  39 
 
 
1038 aa  546  1e-154  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  40.04 
 
 
1038 aa  545  1e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  41.74 
 
 
1099 aa  542  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  40.37 
 
 
1051 aa  534  1e-150  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  40.37 
 
 
1051 aa  534  1e-150  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  38.89 
 
 
1115 aa  532  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  42.05 
 
 
1098 aa  531  1e-149  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  40.9 
 
 
1094 aa  532  1e-149  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  40.5 
 
 
1051 aa  527  1e-148  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  42.67 
 
 
1076 aa  520  1e-146  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  39.73 
 
 
1124 aa  509  9.999999999999999e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  38.17 
 
 
1150 aa  492  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.75 
 
 
1145 aa  437  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  32.63 
 
 
1059 aa  421  1e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.53 
 
 
1083 aa  409  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  38.22 
 
 
1085 aa  402  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  40.68 
 
 
1197 aa  385  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.07 
 
 
1058 aa  314  6.999999999999999e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  27.1 
 
 
1019 aa  199  3e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  22.26 
 
 
1016 aa  192  2.9999999999999997e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.37 
 
 
729 aa  190  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  31.29 
 
 
1041 aa  181  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  27.09 
 
 
678 aa  180  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.21 
 
 
755 aa  180  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  23.26 
 
 
731 aa  179  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.46 
 
 
745 aa  177  8e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 
678 aa  177  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.94 
 
 
715 aa  177  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 
678 aa  177  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  30.76 
 
 
1130 aa  176  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 
1073 aa  176  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  23.93 
 
 
666 aa  168  5e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.19 
 
 
658 aa  168  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  29.76 
 
 
739 aa  167  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  28.9 
 
 
741 aa  167  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  31.94 
 
 
1162 aa  167  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  30.82 
 
 
1144 aa  167  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.75 
 
 
742 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  26.91 
 
 
678 aa  165  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  29.76 
 
 
1128 aa  164  6e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 
707 aa  163  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.03 
 
 
743 aa  163  2e-38  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.48 
 
 
831 aa  160  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 
682 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.61 
 
 
785 aa  160  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 
672 aa  160  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.9 
 
 
773 aa  158  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.53 
 
 
669 aa  158  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.8 
 
 
671 aa  157  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.02 
 
 
669 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4038  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.31 
 
 
673 aa  157  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.02 
 
 
669 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  28.37 
 
 
817 aa  157  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0507  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.31 
 
 
673 aa  157  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0177061  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  22.89 
 
 
706 aa  156  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.35 
 
 
751 aa  156  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.35 
 
 
751 aa  156  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5316  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.89 
 
 
669 aa  156  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640166  normal  0.0761543 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 
668 aa  156  2e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.93 
 
 
1023 aa  156  2e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0175  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.31 
 
 
673 aa  155  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  30.82 
 
 
1180 aa  156  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.3 
 
 
671 aa  155  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  26.51 
 
 
671 aa  155  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  27.96 
 
 
900 aa  155  5e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.8 
 
 
741 aa  155  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.57 
 
 
802 aa  154  5.9999999999999996e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23.87 
 
 
749 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  24.37 
 
 
946 aa  154  7e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  24.37 
 
 
946 aa  154  7e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 
744 aa  154  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  32.4 
 
 
1162 aa  152  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 
679 aa  152  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  24.83 
 
 
765 aa  152  5e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  27.19 
 
 
668 aa  151  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.89 
 
 
671 aa  151  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.61 
 
 
658 aa  152  5e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 
797 aa  151  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.14 
 
 
662 aa  151  7e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.45 
 
 
675 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 
736 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  34.01 
 
 
1089 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>