More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0930 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0930  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 932 aa  1925    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0490168  normal  0.240502 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  38.03 
 
 		 920 aa  629  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1666  UvrD/REP helicase  29.34 
 
 		 921 aa  347  4e-94  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.921097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_256  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 		 972 aa  277  5e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000753871  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2313  UvrD/REP helicase  27.75 
 
 		 984 aa  261  6e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.976943 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1482  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 911 aa  250  8e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0495505  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0207  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 		 970 aa  246  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.00182272  decreased coverage  0.0000000525372 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  26.34 
 
 		 946 aa  227  7e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  26.34 
 
 		 946 aa  227  7e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  25.14 
 
 		 735 aa  188  4e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.05 
 
 		 729 aa  180  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.29 
 
 		 741 aa  177  6e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  26.5 
 
 		 678 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 1132 aa  175  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 726 aa  173  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.97 
 
 		 747 aa  172  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.82 
 
 		 759 aa  172  3e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.54 
 
 		 751 aa  171  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.14 
 
 		 802 aa  171  8e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.88 
 
 		 730 aa  170  9e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.88 
 
 		 730 aa  170  9e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.85 
 
 		 747 aa  170  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.19 
 
 		 751 aa  170  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  27.85 
 
 		 753 aa  170  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 706 aa  170  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.85 
 
 		 751 aa  170  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 		 766 aa  170  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.66 
 
 		 833 aa  170  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  27.68 
 
 		 751 aa  169  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.02 
 
 		 747 aa  169  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 724 aa  169  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.68 
 
 		 753 aa  169  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.68 
 
 		 753 aa  169  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.66 
 
 		 757 aa  168  5e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  25.04 
 
 		 678 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  24.51 
 
 		 760 aa  167  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 		 768 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  24.65 
 
 		 678 aa  167  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.48 
 
 		 737 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.76 
 
 		 831 aa  166  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  26.04 
 
 		 678 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 1019 aa  167  1.0000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 755 aa  167  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  24.9 
 
 		 682 aa  167  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 753 aa  165  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 731 aa  166  3e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.1 
 
 		 857 aa  165  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.96 
 
 		 1023 aa  165  3e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.34 
 
 		 662 aa  164  5.0000000000000005e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 		 741 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.18 
 
 		 829 aa  164  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.57 
 
 		 773 aa  164  7e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.57 
 
 		 718 aa  164  8.000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.38 
 
 		 763 aa  163  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  25.65 
 
 		 672 aa  163  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.52 
 
 		 672 aa  163  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.87 
 
 		 732 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 678 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  24.82 
 
 		 771 aa  162  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  26.69 
 
 		 743 aa  162  4e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.68 
 
 		 837 aa  161  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  26.11 
 
 		 762 aa  161  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.71 
 
 		 751 aa  161  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.57 
 
 		 751 aa  160  7e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  25.17 
 
 		 786 aa  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.21 
 
 		 754 aa  159  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  25.31 
 
 		 786 aa  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0080  DNA-dependent helicase II  26.63 
 
 		 724 aa  158  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 		 625 aa  158  4e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 		 666 aa  158  5.0000000000000005e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.17 
 
 		 830 aa  158  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6683  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 966 aa  157  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0759039  normal  0.87543 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.17 
 
 		 781 aa  157  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  25.25 
 
 		 723 aa  157  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.22 
 
 		 735 aa  156  1e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.39 
 
 		 663 aa  157  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.37 
 
 		 858 aa  156  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.67 
 
 		 781 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  25.29 
 
 		 726 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 		 795 aa  155  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1525  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.91 
 
 		 772 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.47 
 
 		 757 aa  155  4e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  24.22 
 
 		 705 aa  155  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  23.18 
 
 		 743 aa  154  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  22.68 
 
 		 1082 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  23.91 
 
 		 671 aa  154  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.36 
 
 		 742 aa  154  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1357  UvrD/REP helicase  29.15 
 
 		 526 aa  154  7e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.981315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.36 
 
 		 725 aa  154  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.79 
 
 		 765 aa  154  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  23.91 
 
 		 671 aa  154  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.64 
 
 		 858 aa  153  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.19 
 
 		 748 aa  154  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.47 
 
 		 817 aa  154  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  24.96 
 
 		 653 aa  153  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  24.32 
 
 		 900 aa  152  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.9 
 
 		 896 aa  152  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  25.71 
 
 		 789 aa  153  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 		 742 aa  153  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.7 
 
 		 786 aa  152  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>