97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1198 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  100 
 
 
298 aa  596  1e-169  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20930  RecB family exonuclease  51.7 
 
 
297 aa  260  2e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.466535  normal  0.903432 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  48.11 
 
 
280 aa  240  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  49.42 
 
 
302 aa  235  6e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  45.74 
 
 
299 aa  232  4.0000000000000004e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13930  RecB family exonuclease  44.44 
 
 
313 aa  228  6e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199879  normal  0.841258 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  46.88 
 
 
266 aa  228  1e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1855  putative RecB family exonuclease  46.54 
 
 
294 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  45.7 
 
 
295 aa  226  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  48.3 
 
 
273 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2676  hypothetical protein  46.04 
 
 
320 aa  218  8.999999999999998e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  43.87 
 
 
311 aa  217  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  45.21 
 
 
286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  44.44 
 
 
322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  42.81 
 
 
351 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  46.22 
 
 
284 aa  212  5.999999999999999e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2353  hypothetical protein  43.73 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.978382  normal  0.150681 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  42.8 
 
 
291 aa  207  2e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  45.14 
 
 
333 aa  206  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  40.4 
 
 
323 aa  206  4e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  41.8 
 
 
278 aa  204  1e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  42.8 
 
 
304 aa  204  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  45.08 
 
 
334 aa  203  4e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  42.69 
 
 
267 aa  202  6e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  41.41 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  41.41 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  41.41 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2634  RecB family exonuclease  43.13 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  44.92 
 
 
297 aa  200  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  40.65 
 
 
295 aa  194  2e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  35.32 
 
 
259 aa  145  1e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  27.49 
 
 
1019 aa  90.5  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_39374  predicted protein  25.49 
 
 
366 aa  84.3  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  29.48 
 
 
1052 aa  77  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  24.21 
 
 
1016 aa  74.3  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  28.4 
 
 
387 aa  70.1  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  22.86 
 
 
411 aa  69.7  0.00000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4397  hypothetical protein  24.21 
 
 
615 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.272271 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  25.67 
 
 
286 aa  60.5  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  24.41 
 
 
379 aa  59.7  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  27.21 
 
 
293 aa  59.3  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0777  hypothetical protein  28.12 
 
 
387 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0636  hypothetical protein  27.27 
 
 
387 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  24.02 
 
 
279 aa  56.2  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  23.94 
 
 
379 aa  55.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0308  exonuclease-like protein  19.92 
 
 
244 aa  54.7  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000290112  hitchhiker  0.00000170332 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5053  hypothetical protein  24.32 
 
 
267 aa  53.1  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.609849 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  28.75 
 
 
991 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  23.72 
 
 
379 aa  51.2  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0282  hypothetical protein  22.85 
 
 
279 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  22.22 
 
 
786 aa  51.2  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0952  hypothetical protein  31.25 
 
 
263 aa  49.3  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 
1164 aa  49.3  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25 
 
 
957 aa  48.5  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  31.75 
 
 
1038 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.46 
 
 
1094 aa  48.5  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  24.22 
 
 
312 aa  48.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  35.35 
 
 
1128 aa  48.5  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 
1161 aa  48.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  32.72 
 
 
988 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  26.82 
 
 
287 aa  48.1  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0340  UvrD/REP helicase  28.83 
 
 
951 aa  47  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 
1051 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  33.33 
 
 
1157 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 
1051 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  25.88 
 
 
997 aa  46.6  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 
1051 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2712  hypothetical protein  24.09 
 
 
543 aa  46.6  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000442298  hitchhiker  0.0000400817 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  25.34 
 
 
306 aa  46.6  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  23.72 
 
 
788 aa  46.2  0.0006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  24.18 
 
 
788 aa  45.8  0.0008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  30.17 
 
 
997 aa  45.8  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  25.72 
 
 
276 aa  45.8  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  27.87 
 
 
1101 aa  45.8  0.0009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0518  hypothetical protein  35.14 
 
 
1077 aa  45.4  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0453  hypothetical protein  18.18 
 
 
276 aa  45.4  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0515112  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0715  hypothetical protein  25.66 
 
 
387 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  28.31 
 
 
1106 aa  44.7  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0903  hypothetical protein  25.66 
 
 
387 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  24.18 
 
 
788 aa  44.7  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0229  hypothetical protein  19.92 
 
 
306 aa  44.3  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.506684  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 
1095 aa  44.7  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  25.56 
 
 
302 aa  44.3  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1024  hypothetical protein  25.66 
 
 
387 aa  43.9  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.115422  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  24.53 
 
 
302 aa  43.9  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  34.91 
 
 
1091 aa  43.5  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  27.63 
 
 
1052 aa  43.9  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  34.91 
 
 
1091 aa  43.5  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  24.51 
 
 
1044 aa  43.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0825  hypothetical protein  25.66 
 
 
387 aa  43.5  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0799374  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  25.38 
 
 
1183 aa  43.1  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1666  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 
921 aa  43.1  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.921097  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  35.85 
 
 
1091 aa  42.7  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  29.6 
 
 
1055 aa  42.7  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2601  hypothetical protein  25 
 
 
263 aa  42.7  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.718705  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3814  hypothetical protein  27.56 
 
 
284 aa  42.4  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.18541  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  25.73 
 
 
1060 aa  42.4  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>