More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1508 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  45.79 
 
 		 1044 aa  679    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  44.71 
 
 		 1074 aa  644    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  45.69 
 
 		 1103 aa  649    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  45.53 
 
 		 1134 aa  809    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  44.98 
 
 		 1051 aa  685    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  44.06 
 
 		 1059 aa  649    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  44.72 
 
 		 1060 aa  652    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1060 aa  2062    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  44.13 
 
 		 1135 aa  699    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  42.59 
 
 		 1062 aa  555  1e-156  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  39.81 
 
 		 1144 aa  545  1e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  41.29 
 
 		 1096 aa  531  1e-149  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.4 
 
 		 1066 aa  504  1e-141  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  38.04 
 
 		 1040 aa  501  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  38.7 
 
 		 1050 aa  480  1e-134  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  37.47 
 
 		 1095 aa  464  1e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 		 1099 aa  427  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  35.23 
 
 		 1038 aa  411  1e-113  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  35.19 
 
 		 1055 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  35.05 
 
 		 1038 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  36.12 
 
 		 1076 aa  388  1e-106  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  35.2 
 
 		 1051 aa  388  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  34.45 
 
 		 1115 aa  388  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  35.2 
 
 		 1051 aa  388  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  33.7 
 
 		 1129 aa  385  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  34.83 
 
 		 1150 aa  379  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  35.58 
 
 		 1094 aa  375  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.76 
 
 		 1124 aa  372  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  34.67 
 
 		 1051 aa  372  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.41 
 
 		 1145 aa  333  1e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  28.58 
 
 		 1059 aa  304  5.000000000000001e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.4 
 
 		 1083 aa  300  1e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  34.47 
 
 		 1085 aa  284  6.000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  35.39 
 
 		 1197 aa  272  2e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.45 
 
 		 1058 aa  223  1.9999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  39.25 
 
 		 1098 aa  183  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 		 787 aa  181  9e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  29.28 
 
 		 1108 aa  172  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  23.3 
 
 		 735 aa  171  5e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  30.92 
 
 		 1101 aa  171  7e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  20.76 
 
 		 946 aa  171  8e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  20.76 
 
 		 946 aa  171  8e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  29.94 
 
 		 1128 aa  169  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.98 
 
 		 745 aa  167  9e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 		 736 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.73 
 
 		 729 aa  165  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  30.53 
 
 		 807 aa  162  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.88 
 
 		 858 aa  161  8e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  28.11 
 
 		 1091 aa  160  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 829 aa  156  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 		 762 aa  156  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  27.69 
 
 		 707 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  29.39 
 
 		 1128 aa  155  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.62 
 
 		 715 aa  154  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  29.83 
 
 		 1162 aa  153  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 666 aa  152  3e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  25.9 
 
 		 709 aa  151  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 		 685 aa  151  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.72 
 
 		 724 aa  151  7e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  28.86 
 
 		 659 aa  150  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 		 786 aa  150  1.0000000000000001e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.59 
 
 		 833 aa  150  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  26.5 
 
 		 900 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.16 
 
 		 759 aa  149  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.99 
 
 		 755 aa  149  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.93 
 
 		 785 aa  147  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 		 1073 aa  147  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  26.99 
 
 		 731 aa  147  9e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  28.43 
 
 		 731 aa  147  1e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  34.06 
 
 		 783 aa  147  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.69 
 
 		 830 aa  147  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.24 
 
 		 773 aa  146  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.11 
 
 		 794 aa  146  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  32.34 
 
 		 1162 aa  146  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  28.78 
 
 		 1150 aa  146  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  36.49 
 
 		 726 aa  146  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.38 
 
 		 741 aa  146  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.37 
 
 		 658 aa  145  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.75 
 
 		 783 aa  145  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 646 aa  144  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  33.75 
 
 		 786 aa  145  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  26.1 
 
 		 770 aa  144  7e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.7 
 
 		 795 aa  144  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 845 aa  143  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  28.24 
 
 		 688 aa  144  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.65 
 
 		 729 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.34 
 
 		 857 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.45 
 
 		 1228 aa  143  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.97 
 
 		 892 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  29.15 
 
 		 1103 aa  142  3e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  31.01 
 
 		 1144 aa  142  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 		 694 aa  142  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.39 
 
 		 730 aa  142  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.39 
 
 		 730 aa  142  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.08 
 
 		 786 aa  141  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.1 
 
 		 730 aa  141  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 716 aa  141  7.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  22.95 
 
 		 757 aa  140  8.999999999999999e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.2 
 
 		 751 aa  140  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  31.96 
 
 		 741 aa  139  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>