92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2414 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_2414  RecB family exonuclease-like protein  100 
 
 
351 aa  702    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1844  RecB family exonuclease-like protein  65.77 
 
 
286 aa  345  6e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5903  RecB family exonuclease-like protein  63.81 
 
 
295 aa  344  2e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2636  hypothetical protein  62.31 
 
 
299 aa  339  4e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2304  RecB family exonuclease-like protein  62.79 
 
 
311 aa  335  1e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00598996  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4886  hypothetical protein  60 
 
 
334 aa  312  4.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.335853 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2676  hypothetical protein  60 
 
 
320 aa  311  1e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1482  RecB family exonuclease-like protein  56.54 
 
 
302 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1478  hypothetical protein  54.17 
 
 
273 aa  306  3e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0682127  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  58.71 
 
 
322 aa  305  5.0000000000000004e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2353  hypothetical protein  56.94 
 
 
303 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.978382  normal  0.150681 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2634  RecB family exonuclease  58.4 
 
 
303 aa  302  5.000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20930  RecB family exonuclease  53.53 
 
 
297 aa  301  1e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.466535  normal  0.903432 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1855  putative RecB family exonuclease  58.08 
 
 
294 aa  296  5e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2222  RecB family exonuclease-like protein  56.02 
 
 
297 aa  291  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.839667  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  52.75 
 
 
280 aa  290  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22140  RecB family exonuclease  54.23 
 
 
333 aa  290  3e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180752  normal  0.721654 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1180  RecB family exonuclease  54.96 
 
 
266 aa  286  4e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.371869  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4476  RecB family exonuclease-like protein  52.83 
 
 
267 aa  286  5e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2007  RecB family exonuclease-like protein  55.08 
 
 
284 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.151824  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13930  RecB family exonuclease  52.07 
 
 
313 aa  280  4e-74  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199879  normal  0.841258 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  55 
 
 
277 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  55 
 
 
277 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  55 
 
 
277 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2978  RecB family exonuclease-like protein  52.92 
 
 
323 aa  272  5.000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000129924  hitchhiker  0.00505029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3463  RecB family exonuclease  52.31 
 
 
304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  52.69 
 
 
278 aa  268  1e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3064  RecB family exonuclease  51.54 
 
 
291 aa  263  4e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.130933 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2456  RecB family exonuclease-like protein  51.39 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  42.81 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  35.69 
 
 
259 aa  134  3e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_39374  predicted protein  27.27 
 
 
366 aa  103  6e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  26.06 
 
 
1019 aa  85.1  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  24.71 
 
 
1016 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06610  RecB family exonuclease  29.03 
 
 
286 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0821  hypothetical protein  27.57 
 
 
279 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000666708  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  31.03 
 
 
387 aa  75.9  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0904  hypothetical protein  30.4 
 
 
276 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.107924 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1068  hypothetical protein  24.81 
 
 
411 aa  72.4  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4397  hypothetical protein  24.52 
 
 
615 aa  65.5  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.272271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0683  hypothetical protein  25.78 
 
 
302 aa  64.7  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.923342  normal  0.810121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8396  hypothetical protein  27.24 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.75052 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0737  hypothetical protein  26.37 
 
 
302 aa  63.5  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.907261  normal  0.486862 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0636  hypothetical protein  29.55 
 
 
387 aa  63.5  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2712  hypothetical protein  25.91 
 
 
543 aa  63.2  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000442298  hitchhiker  0.0000400817 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0777  hypothetical protein  28.85 
 
 
387 aa  62.8  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4258  hypothetical protein  29.92 
 
 
287 aa  62.4  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.500216  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1024  hypothetical protein  29.39 
 
 
387 aa  62  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.115422  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0825  hypothetical protein  29.39 
 
 
387 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0799374  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0903  hypothetical protein  29.39 
 
 
387 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0715  hypothetical protein  29.39 
 
 
387 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0308  exonuclease-like protein  27.59 
 
 
244 aa  59.3  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000290112  hitchhiker  0.00000170332 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1197  hypothetical protein  28.09 
 
 
312 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0561644  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  25.47 
 
 
379 aa  58.5  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5053  hypothetical protein  26.05 
 
 
267 aa  57.4  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.609849 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2998  hypothetical protein  27.84 
 
 
306 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  24.07 
 
 
379 aa  54.7  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0453  hypothetical protein  22.42 
 
 
276 aa  55.5  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0515112  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  29.21 
 
 
1130 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  29.07 
 
 
1052 aa  53.9  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.21 
 
 
1094 aa  53.9  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2601  hypothetical protein  29.22 
 
 
263 aa  53.5  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.718705  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  23.66 
 
 
780 aa  52.8  0.000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  23.16 
 
 
803 aa  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1737  phage NTP-binding protein  24.83 
 
 
530 aa  50.4  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  26.69 
 
 
779 aa  50.1  0.00006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  29.85 
 
 
1052 aa  48.9  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  26.6 
 
 
1183 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  28.97 
 
 
1101 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  29.85 
 
 
1052 aa  48.9  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  25 
 
 
379 aa  48.9  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0909  hypothetical protein  31.2 
 
 
783 aa  48.5  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0479  ATP-dependent nuclease subunit B-like  29.29 
 
 
908 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.236866  hitchhiker  0.000840779 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3814  hypothetical protein  30.29 
 
 
284 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.18541  normal  0.492417 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  27.32 
 
 
1106 aa  47.4  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  31.33 
 
 
993 aa  47.4  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  26.26 
 
 
1164 aa  47  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  30.15 
 
 
991 aa  46.6  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  29.08 
 
 
1052 aa  46.6  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  26.74 
 
 
1167 aa  45.8  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 
1059 aa  45.8  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 
1038 aa  45.8  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  24.65 
 
 
1061 aa  45.8  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  32.03 
 
 
781 aa  45.8  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  25.96 
 
 
919 aa  45.1  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 
1066 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  25.69 
 
 
947 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0952  hypothetical protein  25 
 
 
263 aa  45.1  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 
1094 aa  45.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  31.62 
 
 
1038 aa  44.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  33.81 
 
 
915 aa  44.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  26.4 
 
 
781 aa  43.5  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>