221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4211 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4211  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425725 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1134  LysR family transcriptional regulator  65.24 
 
 		 213 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1344  LysR family transcriptional regulator  64.76 
 
 		 213 aa  278  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1220  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 211 aa  273  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.734028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2402  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 218 aa  271  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000498795  hitchhiker  0.00000317768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3464  LysR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 217 aa  265  5.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 294 aa  131  9e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 302 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 303 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  33.5 
 
 		 314 aa  109  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 312 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 313 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  32.84 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 304 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  101  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 313 aa  101  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  31.5 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 326 aa  99.8  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 296 aa  99.4  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  35.12 
 
 		 331 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 304 aa  98.6  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 277 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 317 aa  95.9  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 308 aa  95.1  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 303 aa  94.4  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  91.7  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 303 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 302 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 302 aa  89.4  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 308 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 308 aa  85.9  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0696  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.422856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 300 aa  81.3  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41333  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2169  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2407  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 332 aa  62.4  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0930  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 208 aa  62  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 297 aa  62  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 151 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  28.17 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 320 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3037  LysR, substrate-binding  25.17 
 
 		 249 aa  53.5  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.45113  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 		 305 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 306 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 296 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 296 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 364 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 286 aa  50.8  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 308 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 309 aa  50.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 306 aa  49.7  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 302 aa  50.1  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  27.27 
 
 		 306 aa  49.7  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.25 
 
 		 296 aa  49.7  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 306 aa  49.3  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1002  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 292 aa  49.3  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 306 aa  49.3  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 298 aa  48.9  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 296 aa  48.9  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 306 aa  48.5  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.53 
 
 		 296 aa  47.4  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 324 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 295 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 297 aa  47  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 305 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 333 aa  47  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 302 aa  47.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  22.29 
 
 		 311 aa  46.2  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  0.00000124662 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.64 
 
 		 300 aa  46.6  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 327 aa  46.6  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 304 aa  46.2  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 306 aa  46.2  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 323 aa  46.2  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 305 aa  45.8  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 304 aa  45.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  28.49 
 
 		 297 aa  45.8  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 304 aa  45.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 307 aa  45.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6198  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  45.8  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0517746 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 323 aa  45.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 326 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 326 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 326 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 299 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 301 aa  45.8  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>