61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0696 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0696  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 208 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.422856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0930  transcriptional regulator, LysR family  69.23 
 
 		 208 aa  286  1e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2169  LysR family transcriptional regulator  69.71 
 
 		 245 aa  285  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2407  transcriptional regulator  70.05 
 
 		 197 aa  274  6e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2874  transcriptional regulator, LysR family  66.35 
 
 		 208 aa  271  7e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41333  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 317 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 302 aa  102  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 296 aa  101  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  33.99 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 308 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 294 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 313 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  33.5 
 
 		 314 aa  98.6  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  97.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 313 aa  95.9  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 313 aa  94  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 320 aa  92.8  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 331 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 296 aa  92  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1344  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 213 aa  91.3  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  91.7  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  91.3  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 296 aa  90.9  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 308 aa  91.3  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 304 aa  90.9  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 301 aa  89.4  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  89.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 302 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  89.4  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1220  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 211 aa  89  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.734028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 303 aa  88.6  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 277 aa  88.2  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 296 aa  88.2  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 326 aa  85.5  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 310 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  29.81 
 
 		 314 aa  85.1  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4211  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2402  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000498795  hitchhiker  0.00000317768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1134  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3464  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3037  LysR, substrate-binding  32.62 
 
 		 249 aa  67  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.45113  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 151 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6478  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 309 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 327 aa  43.5  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  25.53 
 
 		 310 aa  43.1  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 302 aa  43.1  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 310 aa  42.4  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 301 aa  42.7  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  42  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  42  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.38 
 
 		 297 aa  42  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.57 
 
 		 300 aa  41.6  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  41.2  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>