85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3464 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3464  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2402  LysR family transcriptional regulator  75.23 
 
 		 218 aa  332  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000498795  hitchhiker  0.00000317768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1134  LysR family transcriptional regulator  63.85 
 
 		 213 aa  266  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1220  LysR family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 211 aa  265  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.734028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4211  LysR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 213 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425725 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1344  LysR family transcriptional regulator  59.9 
 
 		 213 aa  250  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 294 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 302 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  86.3  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 312 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  85.5  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  28.11 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  81.6  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0696  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.422856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  28.12 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 320 aa  75.5  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 		 331 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 308 aa  75.1  0.0000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 314 aa  74.7  0.0000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  27.94 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 326 aa  72  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2407  transcriptional regulator  32.45 
 
 		 197 aa  72  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0930  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2169  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 287 aa  60.1  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 301 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 297 aa  48.5  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 304 aa  48.5  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 307 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  47.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.7 
 
 		 311 aa  47.4  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 304 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 305 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3037  LysR, substrate-binding  25 
 
 		 249 aa  45.8  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.45113  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  30.72 
 
 		 306 aa  45.8  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.03 
 
 		 311 aa  45.8  0.0005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 323 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 306 aa  45.1  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 299 aa  45.1  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  31.5 
 
 		 323 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 299 aa  45.1  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 310 aa  45.1  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 336 aa  44.3  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 302 aa  44.7  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 304 aa  44.3  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 302 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.28 
 
 		 297 aa  43.9  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 296 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  28.26 
 
 		 308 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 322 aa  43.1  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 306 aa  43.1  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 298 aa  42.7  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 297 aa  42.4  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 323 aa  42.4  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 309 aa  42  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  42  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 303 aa  41.6  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 303 aa  41.6  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 327 aa  41.6  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2575  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 309 aa  41.6  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.187832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  28.03 
 
 		 151 aa  41.6  0.01  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>