221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2402 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2402  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  444  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000498795  hitchhiker  0.00000317768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3464  LysR family transcriptional regulator  75.23 
 
 		 217 aa  332  4e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4211  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 213 aa  271  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425725 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1134  LysR family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 213 aa  267  8e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1220  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 211 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.734028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1344  LysR family transcriptional regulator  61.35 
 
 		 213 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 314 aa  98.2  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 317 aa  97.4  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  29.21 
 
 		 314 aa  94.7  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 306 aa  93.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 306 aa  93.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 301 aa  94  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  29.35 
 
 		 314 aa  92.8  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  29.5 
 
 		 331 aa  92  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  92  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 302 aa  92  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  28.22 
 
 		 314 aa  90.5  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 326 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 304 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 314 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  89.7  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  89.4  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 296 aa  89.4  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 308 aa  88.6  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 304 aa  88.2  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 313 aa  88.2  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 312 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 303 aa  87  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 277 aa  85.9  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 296 aa  85.5  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0696  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.422856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  26.11 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2169  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2407  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41333  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0930  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3037  LysR, substrate-binding  26.12 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.45113  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 309 aa  55.1  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 327 aa  55.1  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 336 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 299 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  32.31 
 
 		 323 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 323 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 299 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 305 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 300 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 151 aa  53.1  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 320 aa  52.8  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 297 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.16 
 
 		 300 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.68 
 
 		 311 aa  50.4  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 300 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1002  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 292 aa  48.9  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25 
 
 		 311 aa  48.9  0.00005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 298 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3180  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 241 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000913233 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  48.9  0.00006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 301 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 304 aa  48.5  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.36 
 
 		 304 aa  48.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 305 aa  48.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 300 aa  48.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  26.4 
 
 		 305 aa  48.5  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  22.71 
 
 		 298 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 304 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 295 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 298 aa  47.8  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  47  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1442  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 306 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.200576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 310 aa  47  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 295 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 316 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 310 aa  47.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  28.57 
 
 		 306 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  23.57 
 
 		 299 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 307 aa  46.2  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 313 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 296 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  23.64 
 
 		 305 aa  46.6  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 304 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 296 aa  46.2  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 322 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 304 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 332 aa  46.2  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>