More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B1277 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1277  diguanylate cyclase  100 
 
 
354 aa  698    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5319  diguanylate cyclase  81.92 
 
 
354 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4472  diguanylate cyclase  48.6 
 
 
376 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.87848 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  37.02 
 
 
719 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  36.6 
 
 
719 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.63 
 
 
891 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.4 
 
 
693 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.63 
 
 
695 aa  132  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  43.68 
 
 
878 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  43.78 
 
 
629 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
410 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
737 aa  129  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  44.71 
 
 
710 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.14 
 
 
716 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  39.52 
 
 
512 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  42.86 
 
 
673 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3175  sensory box protein  42.61 
 
 
627 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  36.91 
 
 
557 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.94 
 
 
710 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  44.91 
 
 
1245 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  41.07 
 
 
792 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4696  sensory box/GGDEF family protein  37.85 
 
 
682 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
461 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  44.31 
 
 
1245 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1017  GGDEF family protein  39.38 
 
 
1051 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  42.39 
 
 
1006 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.83 
 
 
1027 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  39.56 
 
 
314 aa  126  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.69 
 
 
905 aa  126  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.2 
 
 
806 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.2 
 
 
763 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  38.92 
 
 
512 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.05 
 
 
1006 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
853 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 
324 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.08 
 
 
714 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.44 
 
 
951 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.24 
 
 
683 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  42.23 
 
 
685 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  34.53 
 
 
604 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1212 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
422 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 
294 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.39 
 
 
853 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 
571 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
1524 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.69 
 
 
1244 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 
754 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  42.61 
 
 
604 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  34.53 
 
 
735 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.94 
 
 
1066 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.2 
 
 
684 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  38.86 
 
 
892 aa  123  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  38.86 
 
 
892 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  40.49 
 
 
715 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.37 
 
 
1063 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2246  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.68 
 
 
764 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00114324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
715 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.2 
 
 
855 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
432 aa  124  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
546 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.6 
 
 
876 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
955 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  38.86 
 
 
892 aa  123  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  38.86 
 
 
892 aa  123  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  41.75 
 
 
685 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.04 
 
 
696 aa  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.09 
 
 
686 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.53 
 
 
962 aa  122  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  41.1 
 
 
688 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
614 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  42.01 
 
 
921 aa  122  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 
780 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
319 aa  122  8e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.62 
 
 
1059 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  38.95 
 
 
892 aa  122  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.72 
 
 
714 aa  122  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.94 
 
 
834 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  42.42 
 
 
1247 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  40.68 
 
 
703 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  41.62 
 
 
932 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.89 
 
 
802 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  39.16 
 
 
1055 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.64 
 
 
1247 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.23 
 
 
936 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0197  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
507 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.56 
 
 
742 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 
499 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.42 
 
 
1247 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.88 
 
 
947 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.44 
 
 
742 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.03 
 
 
1247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  40.64 
 
 
688 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.32 
 
 
699 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04999  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.65 
 
 
775 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.82 
 
 
568 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  40.64 
 
 
688 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.83 
 
 
693 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
422 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>