246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3945 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  100 
 
 		 379 aa  752    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  41.14 
 
 		 383 aa  259  8e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  41.21 
 
 		 381 aa  258  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  34.97 
 
 		 381 aa  246  6e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  33.87 
 
 		 374 aa  245  9e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  37.11 
 
 		 381 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  33.76 
 
 		 388 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  36.6 
 
 		 381 aa  241  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  37.6 
 
 		 381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  37.34 
 
 		 381 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  37.34 
 
 		 381 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  37.6 
 
 		 381 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  39.15 
 
 		 386 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.67 
 
 		 400 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.41 
 
 		 400 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  35.96 
 
 		 381 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  38.42 
 
 		 380 aa  233  5e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  33.51 
 
 		 385 aa  232  9e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  33.51 
 
 		 385 aa  232  9e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  33.94 
 
 		 385 aa  232  9e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  33.51 
 
 		 385 aa  232  9e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.9 
 
 		 400 aa  232  9e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  33.51 
 
 		 385 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  33.25 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  33.51 
 
 		 385 aa  229  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  34.37 
 
 		 381 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  33.25 
 
 		 385 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  32.98 
 
 		 385 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.53 
 
 		 381 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  36.69 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  33.25 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  32.55 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  32.72 
 
 		 379 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  33.68 
 
 		 399 aa  219  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  41.53 
 
 		 379 aa  215  8e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  40.37 
 
 		 418 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  34.73 
 
 		 379 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  37.21 
 
 		 382 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  35.49 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.53 
 
 		 386 aa  206  6e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  32.01 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  37.82 
 
 		 383 aa  202  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  37.98 
 
 		 387 aa  199  5e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  36.57 
 
 		 407 aa  196  8.000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  36.64 
 
 		 366 aa  193  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  35.88 
 
 		 375 aa  192  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.38 
 
 		 390 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  29.21 
 
 		 373 aa  185  9e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  29.21 
 
 		 373 aa  185  9e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  38.2 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  35.66 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  31.65 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  27.61 
 
 		 374 aa  179  7e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  37.74 
 
 		 394 aa  179  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  37.18 
 
 		 386 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  29.43 
 
 		 372 aa  168  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  30.38 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  35.38 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  31.2 
 
 		 409 aa  159  7e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  38.73 
 
 		 389 aa  158  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.07 
 
 		 407 aa  157  3e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  36.53 
 
 		 392 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  36.74 
 
 		 393 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  34.77 
 
 		 409 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.97 
 
 		 435 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  37.33 
 
 		 409 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  28.36 
 
 		 402 aa  137  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  32.6 
 
 		 412 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  32.6 
 
 		 412 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  32.6 
 
 		 412 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  29.31 
 
 		 405 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  28.81 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  28.48 
 
 		 407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  33.67 
 
 		 406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  29.78 
 
 		 412 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.01 
 
 		 414 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  28.53 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  26.41 
 
 		 409 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  34.18 
 
 		 517 aa  126  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  32.55 
 
 		 425 aa  127  5e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  35.42 
 
 		 409 aa  126  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  34.1 
 
 		 414 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  29.77 
 
 		 414 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  32.6 
 
 		 382 aa  126  7e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  31.68 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  32.3 
 
 		 414 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.04 
 
 		 416 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  32.67 
 
 		 406 aa  123  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  33.46 
 
 		 418 aa  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  32.43 
 
 		 382 aa  123  6e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  32.37 
 
 		 404 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.18 
 
 		 528 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  29.54 
 
 		 408 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  34.55 
 
 		 537 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  31.34 
 
 		 414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  28.57 
 
 		 390 aa  119  6e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  26.02 
 
 		 410 aa  120  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  31.99 
 
 		 408 aa  119  7e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3776  nuclease SbcCD, D subunit  31.08 
 
 		 387 aa  119  7e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0285977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  31.75 
 
 		 409 aa  119  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>