288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3061 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  80.84 
 
 		 381 aa  637    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 381 aa  777    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  78.22 
 
 		 381 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  74.54 
 
 		 381 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  74.54 
 
 		 381 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  74.54 
 
 		 381 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  74.28 
 
 		 381 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  73.75 
 
 		 381 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  75.13 
 
 		 380 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  73.58 
 
 		 400 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  73.32 
 
 		 400 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  72.54 
 
 		 400 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  71.39 
 
 		 399 aa  560  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  60.85 
 
 		 381 aa  480  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  54.13 
 
 		 379 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  52.38 
 
 		 377 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  51.85 
 
 		 379 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  43.83 
 
 		 381 aa  336  5e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  43.19 
 
 		 388 aa  331  1e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  43.98 
 
 		 383 aa  325  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  42.78 
 
 		 381 aa  316  5e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  38.82 
 
 		 385 aa  290  3e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  38.76 
 
 		 385 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  38.76 
 
 		 385 aa  286  5e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  38.76 
 
 		 385 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  38.76 
 
 		 385 aa  285  9e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  38.76 
 
 		 385 aa  285  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  38.76 
 
 		 385 aa  285  9e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  38.76 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  38.5 
 
 		 385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  37.47 
 
 		 385 aa  282  6.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  37.27 
 
 		 375 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  35.37 
 
 		 374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  34.34 
 
 		 374 aa  240  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  34.21 
 
 		 373 aa  239  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  34.21 
 
 		 373 aa  239  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  36.88 
 
 		 386 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  34.55 
 
 		 385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  37.23 
 
 		 381 aa  228  1e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  37.11 
 
 		 379 aa  225  8e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  35.88 
 
 		 366 aa  224  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  36.76 
 
 		 379 aa  222  9e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.84 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  36.81 
 
 		 390 aa  216  7e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.96 
 
 		 390 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  32.63 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  35.71 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.57 
 
 		 386 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  32.81 
 
 		 407 aa  206  4e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  32.98 
 
 		 375 aa  206  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.68 
 
 		 387 aa  206  8e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  36.39 
 
 		 383 aa  205  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  32.64 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  37.76 
 
 		 392 aa  202  8e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  33.17 
 
 		 409 aa  196  6e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  29.77 
 
 		 390 aa  187  4e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  29.97 
 
 		 371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.09 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  30.21 
 
 		 383 aa  183  5.0000000000000004e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  30.58 
 
 		 402 aa  182  6e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.25 
 
 		 407 aa  179  7e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.92 
 
 		 394 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  36.72 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  34.67 
 
 		 393 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  28.03 
 
 		 392 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  30.97 
 
 		 405 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.33 
 
 		 435 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  26.16 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  28.95 
 
 		 414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  31.47 
 
 		 412 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  30.35 
 
 		 412 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.48 
 
 		 414 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  30.35 
 
 		 412 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  30.77 
 
 		 409 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  30.73 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  29.73 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.45 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  26.87 
 
 		 442 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  31.38 
 
 		 414 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  32.92 
 
 		 409 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  33.79 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  30.43 
 
 		 418 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  27.53 
 
 		 423 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  28 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  28.09 
 
 		 408 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  30.73 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  29.32 
 
 		 425 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  28.76 
 
 		 406 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  24.11 
 
 		 407 aa  122  7e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  29.33 
 
 		 411 aa  122  8e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  34.54 
 
 		 406 aa  122  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  27.3 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  28.38 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5895  nuclease SbcCD, D subunit  33.11 
 
 		 408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  23.86 
 
 		 407 aa  121  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  28.76 
 
 		 410 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  32.57 
 
 		 409 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  26.15 
 
 		 425 aa  119  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.96 
 
 		 528 aa  119  9e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  28.71 
 
 		 404 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>