228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3542 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 404 aa  814    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  70.57 
 
 		 406 aa  549  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  66.26 
 
 		 414 aa  514  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  62.84 
 
 		 425 aa  480  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  57.49 
 
 		 412 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  64.34 
 
 		 406 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  55.22 
 
 		 414 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  56.33 
 
 		 408 aa  461  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  55.22 
 
 		 414 aa  461  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  54.73 
 
 		 410 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  54.98 
 
 		 414 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  56.82 
 
 		 410 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  55.86 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  55.86 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  55.86 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  55.86 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  55.86 
 
 		 400 aa  441  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  55.61 
 
 		 400 aa  443  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  55.86 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  55.86 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  55.61 
 
 		 400 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  52.49 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  57.18 
 
 		 400 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  56.93 
 
 		 400 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  52.84 
 
 		 442 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  56.68 
 
 		 400 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  55.85 
 
 		 410 aa  432  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  56.68 
 
 		 400 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  52.96 
 
 		 401 aa  430  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  56.44 
 
 		 400 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  53.4 
 
 		 423 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  49.77 
 
 		 506 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  48.96 
 
 		 515 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  47.14 
 
 		 483 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  47.82 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  43.36 
 
 		 408 aa  345  8e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  41.71 
 
 		 418 aa  320  3e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  40.1 
 
 		 414 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  39.07 
 
 		 410 aa  300  4e-80  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  39.01 
 
 		 409 aa  297  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.03 
 
 		 416 aa  294  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  39.51 
 
 		 409 aa  293  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  41.87 
 
 		 411 aa  289  6e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  38.77 
 
 		 410 aa  278  1e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  37.28 
 
 		 408 aa  276  4e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  35.15 
 
 		 498 aa  276  4e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  38.02 
 
 		 410 aa  261  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  45.09 
 
 		 517 aa  241  1e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  44.73 
 
 		 528 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  46.55 
 
 		 537 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  36.71 
 
 		 414 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  36.47 
 
 		 414 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  36.43 
 
 		 409 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  36.19 
 
 		 409 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  37.01 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  37.01 
 
 		 412 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.18 
 
 		 414 aa  199  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  36.27 
 
 		 412 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  36.03 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  34.8 
 
 		 467 aa  188  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  32.54 
 
 		 407 aa  186  9e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  30.61 
 
 		 414 aa  176  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  36.87 
 
 		 417 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  35 
 
 		 428 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  35 
 
 		 419 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  37.97 
 
 		 390 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.43 
 
 		 418 aa  159  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.18 
 
 		 418 aa  153  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  36.14 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  34.88 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 382 aa  145  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.92 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  29.25 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  28.46 
 
 		 409 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  33.24 
 
 		 415 aa  141  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  33.44 
 
 		 382 aa  140  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  33.05 
 
 		 415 aa  139  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  33.56 
 
 		 379 aa  139  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  31.82 
 
 		 387 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  27.09 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  25.81 
 
 		 407 aa  136  8e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  25.81 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.56 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  32.64 
 
 		 393 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  31.68 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  31.58 
 
 		 375 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  27.44 
 
 		 413 aa  130  5.0000000000000004e-29  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  32.94 
 
 		 389 aa  129  7.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.99 
 
 		 407 aa  129  9.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  30.29 
 
 		 425 aa  127  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  27.83 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.57 
 
 		 387 aa  127  5e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  33.92 
 
 		 394 aa  125  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  30.07 
 
 		 381 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  32.57 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.72 
 
 		 400 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  29.75 
 
 		 381 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.72 
 
 		 400 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  26.92 
 
 		 381 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>