229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0439 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  84 
 
 		 400 aa  702    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  84 
 
 		 400 aa  702    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  83.25 
 
 		 400 aa  696    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  84 
 
 		 400 aa  702    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  98.75 
 
 		 400 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 400 aa  824    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  99.25 
 
 		 400 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  84.25 
 
 		 400 aa  705    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  84 
 
 		 400 aa  702    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  79.95 
 
 		 401 aa  676    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  84 
 
 		 400 aa  702    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  99 
 
 		 400 aa  814    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  99.5 
 
 		 400 aa  818    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  84 
 
 		 400 aa  702    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  83.75 
 
 		 400 aa  700    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  64.07 
 
 		 410 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  63.52 
 
 		 414 aa  509  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  63.52 
 
 		 414 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  63.52 
 
 		 414 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  59.31 
 
 		 410 aa  488  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  59.85 
 
 		 412 aa  485  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  59.46 
 
 		 408 aa  481  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  61.23 
 
 		 410 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  56.93 
 
 		 404 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  54.36 
 
 		 414 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  55.58 
 
 		 442 aa  438  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  52.42 
 
 		 423 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  52.97 
 
 		 406 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  51.16 
 
 		 506 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  49.19 
 
 		 515 aa  399  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  51.21 
 
 		 414 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  47.37 
 
 		 483 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  49.64 
 
 		 425 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  52.83 
 
 		 406 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  43.6 
 
 		 425 aa  349  4e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  43.91 
 
 		 408 aa  347  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  38.78 
 
 		 409 aa  277  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  37.9 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  37.38 
 
 		 414 aa  268  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  36.78 
 
 		 418 aa  266  4e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  36.67 
 
 		 410 aa  255  8e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  36.76 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  36.63 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.56 
 
 		 416 aa  247  3e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  32.69 
 
 		 498 aa  242  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  35.7 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  36.45 
 
 		 411 aa  229  9e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  43.68 
 
 		 537 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  41.61 
 
 		 517 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.97 
 
 		 528 aa  208  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  33.51 
 
 		 409 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  33.93 
 
 		 409 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  37.16 
 
 		 414 aa  172  9e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  32.15 
 
 		 412 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  33.59 
 
 		 412 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  32.15 
 
 		 412 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  32.66 
 
 		 414 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  32.91 
 
 		 414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  31.17 
 
 		 467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.06 
 
 		 414 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.95 
 
 		 418 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  33.01 
 
 		 366 aa  161  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  29.08 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  31.9 
 
 		 412 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  35.4 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  32.8 
 
 		 379 aa  152  8e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  30.21 
 
 		 417 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.72 
 
 		 428 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  28.5 
 
 		 409 aa  149  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  29.98 
 
 		 419 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  29.78 
 
 		 381 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  32.19 
 
 		 385 aa  147  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.35 
 
 		 407 aa  145  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  32.7 
 
 		 382 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  33.23 
 
 		 382 aa  144  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  28.31 
 
 		 393 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  29.7 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  32.38 
 
 		 375 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  32.52 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.16 
 
 		 418 aa  137  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.88 
 
 		 386 aa  138  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.21 
 
 		 386 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  30.98 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  33.23 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  29.05 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  29.39 
 
 		 381 aa  132  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  30.26 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  31.07 
 
 		 415 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  32.11 
 
 		 399 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.36 
 
 		 400 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  26.57 
 
 		 413 aa  129  7.000000000000001e-29  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.23 
 
 		 400 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  32.87 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  31.88 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  25.96 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  26.22 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  31.83 
 
 		 415 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  29.1 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  33.57 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>