275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3663 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  100 
 
 		 381 aa  743    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  74.54 
 
 		 381 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  49.74 
 
 		 383 aa  349  6e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  45.41 
 
 		 381 aa  346  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  44.62 
 
 		 381 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  44.62 
 
 		 381 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  44.62 
 
 		 381 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  45.85 
 
 		 400 aa  342  5e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  45.85 
 
 		 400 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  44.62 
 
 		 381 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  46.44 
 
 		 399 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  45.08 
 
 		 400 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  43.83 
 
 		 381 aa  336  5e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  43.75 
 
 		 381 aa  335  7e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  45.41 
 
 		 381 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  44.65 
 
 		 380 aa  324  1e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  36.72 
 
 		 388 aa  309  5e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  41.6 
 
 		 377 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  42.63 
 
 		 379 aa  302  6.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  41.44 
 
 		 379 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  41.33 
 
 		 381 aa  299  5e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  35.37 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  40.31 
 
 		 385 aa  295  6e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  40.83 
 
 		 385 aa  295  1e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  40.57 
 
 		 385 aa  293  3e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  40.05 
 
 		 385 aa  292  5e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  40.05 
 
 		 385 aa  292  5e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  40.05 
 
 		 385 aa  292  5e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  40.05 
 
 		 385 aa  292  8e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  39.79 
 
 		 385 aa  291  1e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  39.53 
 
 		 385 aa  289  6e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  40.57 
 
 		 385 aa  288  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  38.62 
 
 		 375 aa  263  4.999999999999999e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  50.31 
 
 		 379 aa  262  8e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  45.29 
 
 		 386 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  31.73 
 
 		 374 aa  255  9e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 373 aa  248  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 373 aa  248  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  45.12 
 
 		 390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  41.21 
 
 		 379 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  39.5 
 
 		 381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  43.24 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  45.71 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  41.04 
 
 		 386 aa  230  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  43.16 
 
 		 385 aa  229  5e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  42.58 
 
 		 407 aa  229  8e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  45.38 
 
 		 387 aa  226  4e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  43.86 
 
 		 383 aa  223  6e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  42.13 
 
 		 366 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  42.38 
 
 		 390 aa  219  7e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  42.86 
 
 		 382 aa  218  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  42.73 
 
 		 392 aa  216  4e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  38.48 
 
 		 375 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  34.72 
 
 		 409 aa  209  6e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  34.78 
 
 		 320 aa  202  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  32.81 
 
 		 372 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  40.21 
 
 		 407 aa  200  3e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  40.95 
 
 		 394 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  44.97 
 
 		 389 aa  196  7e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  32.34 
 
 		 383 aa  193  4e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 371 aa  189  5e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  31.93 
 
 		 392 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  32.74 
 
 		 393 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  36.06 
 
 		 402 aa  160  4e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  33.17 
 
 		 409 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  26.01 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  30.68 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  31.82 
 
 		 412 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  32.28 
 
 		 409 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  31.34 
 
 		 412 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  28.39 
 
 		 435 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  31.01 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.16 
 
 		 418 aa  140  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  27.39 
 
 		 408 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  30.7 
 
 		 412 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  31.15 
 
 		 414 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  30.68 
 
 		 414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  31.92 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  25.39 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  25.79 
 
 		 409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  25.39 
 
 		 407 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  28.19 
 
 		 425 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.87 
 
 		 414 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  28.09 
 
 		 423 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  30.89 
 
 		 425 aa  126  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  31.79 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  33.5 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  29.39 
 
 		 414 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  29.75 
 
 		 404 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  30.36 
 
 		 425 aa  123  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  31.75 
 
 		 418 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  28.49 
 
 		 515 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  28.03 
 
 		 483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  29.33 
 
 		 410 aa  119  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  31.85 
 
 		 414 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  27.71 
 
 		 401 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  26.34 
 
 		 410 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  31.41 
 
 		 517 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  23.91 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  32.41 
 
 		 388 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>