205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2849 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 506 aa  1037    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  53.94 
 
 		 410 aa  453  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  51.24 
 
 		 412 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  48.03 
 
 		 442 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  49.43 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  49.21 
 
 		 414 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  49.21 
 
 		 414 aa  427  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  50.34 
 
 		 408 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  50 
 
 		 423 aa  421  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  50.92 
 
 		 410 aa  421  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  49.77 
 
 		 404 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  50.57 
 
 		 414 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  50.62 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  49.77 
 
 		 401 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  49.3 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  49.3 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  49.3 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  49.3 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  49.3 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  49.3 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  49.3 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  49.18 
 
 		 400 aa  391  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  46.44 
 
 		 515 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  49.07 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  50.93 
 
 		 400 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  50.69 
 
 		 400 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  50.93 
 
 		 400 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  51.16 
 
 		 400 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  50.69 
 
 		 400 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  44.23 
 
 		 483 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  48.71 
 
 		 406 aa  378  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  46.71 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  46.36 
 
 		 425 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  43.74 
 
 		 408 aa  351  2e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  46.45 
 
 		 406 aa  348  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  42.35 
 
 		 425 aa  343  5e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  35.94 
 
 		 410 aa  253  7e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.86 
 
 		 416 aa  253  8.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  34.33 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  35.92 
 
 		 409 aa  251  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  37.04 
 
 		 411 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  35.14 
 
 		 410 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  35.04 
 
 		 409 aa  244  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  33.56 
 
 		 498 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  33.79 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  34.04 
 
 		 410 aa  239  1e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  34.51 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  42.56 
 
 		 528 aa  230  4e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  41.18 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  39.72 
 
 		 537 aa  219  7e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  38.82 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  38.82 
 
 		 409 aa  206  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  39.8 
 
 		 412 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  36.19 
 
 		 412 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  39.4 
 
 		 412 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  39.4 
 
 		 412 aa  193  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  33.74 
 
 		 467 aa  190  5e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.16 
 
 		 418 aa  190  5.999999999999999e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  37.42 
 
 		 414 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  37.75 
 
 		 414 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.75 
 
 		 414 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  32.72 
 
 		 414 aa  177  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  32.93 
 
 		 407 aa  176  6e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  32.19 
 
 		 417 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  31.62 
 
 		 419 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.34 
 
 		 428 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  28.14 
 
 		 415 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  29.7 
 
 		 415 aa  147  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  29.39 
 
 		 415 aa  147  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  31.43 
 
 		 390 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  26.94 
 
 		 407 aa  143  7e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  29.3 
 
 		 382 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  30.12 
 
 		 381 aa  133  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  28.44 
 
 		 390 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  30.06 
 
 		 366 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  29.51 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  30.25 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.73 
 
 		 418 aa  128  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  29.17 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  30.53 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  28.81 
 
 		 425 aa  124  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  29.67 
 
 		 381 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0858  putative Exonuclease SbcD homolog  28.03 
 
 		 413 aa  124  4e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  29.77 
 
 		 393 aa  123  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  28.44 
 
 		 407 aa  123  8e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.62 
 
 		 390 aa  123  9e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  27.47 
 
 		 407 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  28.34 
 
 		 379 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  27.81 
 
 		 407 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.33 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  29.17 
 
 		 381 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  29.21 
 
 		 392 aa  117  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  28.12 
 
 		 399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  26.18 
 
 		 375 aa  116  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  25.32 
 
 		 385 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  27.27 
 
 		 381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.81 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  28.8 
 
 		 389 aa  114  6e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.81 
 
 		 400 aa  114  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  27.36 
 
 		 387 aa  113  8.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>