196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3216 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  77.54 
 
 
412 aa  644    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  85.02 
 
 
414 aa  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  85.27 
 
 
414 aa  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  100 
 
 
414 aa  832    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  78.02 
 
 
412 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  77.78 
 
 
412 aa  645    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  78.5 
 
 
412 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  69.08 
 
 
409 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  68.84 
 
 
409 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  56.74 
 
 
418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  36.54 
 
 
414 aa  301  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  38.31 
 
 
467 aa  295  7e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  41.69 
 
 
417 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  41.45 
 
 
428 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  41.73 
 
 
419 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  37.68 
 
 
407 aa  258  1e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  34.1 
 
 
425 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  33.97 
 
 
408 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  35.18 
 
 
404 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  35.46 
 
 
408 aa  196  7e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  33.74 
 
 
415 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  34.5 
 
 
423 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  36.47 
 
 
415 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  36.47 
 
 
415 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  37.88 
 
 
406 aa  187  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  31.25 
 
 
498 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  36.75 
 
 
506 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  34.16 
 
 
442 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  34.66 
 
 
414 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  34.09 
 
 
409 aa  183  6e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.07 
 
 
416 aa  183  6e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  36.31 
 
 
425 aa  182  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  29.91 
 
 
414 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  34.07 
 
 
414 aa  180  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  30.82 
 
 
410 aa  178  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  32.43 
 
 
418 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  31.9 
 
 
410 aa  177  3e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  30.99 
 
 
515 aa  177  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  32.32 
 
 
411 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  27.86 
 
 
483 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  32.99 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  32.99 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  37.24 
 
 
537 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  32.99 
 
 
414 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.1 
 
 
528 aa  173  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  37.18 
 
 
517 aa  172  9e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  30.64 
 
 
410 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  30.53 
 
 
400 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  32.05 
 
 
410 aa  168  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  30.99 
 
 
400 aa  166  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  31.39 
 
 
400 aa  166  9e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  31.39 
 
 
400 aa  166  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  31.39 
 
 
400 aa  166  9e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  31.39 
 
 
400 aa  166  9e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  31.39 
 
 
400 aa  166  9e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  31.39 
 
 
400 aa  166  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  31.11 
 
 
412 aa  166  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  31.9 
 
 
400 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  31.2 
 
 
410 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  31.46 
 
 
400 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  32.22 
 
 
409 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  29.67 
 
 
408 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  31.73 
 
 
400 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  31.46 
 
 
400 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  31.47 
 
 
400 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  30.95 
 
 
400 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  31.79 
 
 
401 aa  158  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  31.13 
 
 
410 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  33.68 
 
 
406 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  37.86 
 
 
381 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  35.21 
 
 
393 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  33.92 
 
 
392 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.36 
 
 
400 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  31.87 
 
 
381 aa  132  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  30.91 
 
 
425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  31.46 
 
 
390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.05 
 
 
400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.05 
 
 
381 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  36.84 
 
 
386 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  35.21 
 
 
381 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  34.48 
 
 
381 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  35.21 
 
 
381 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  34.86 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  33.45 
 
 
409 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  34.86 
 
 
381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  32.93 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  35.82 
 
 
399 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  34.29 
 
 
381 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  36.92 
 
 
379 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  33.57 
 
 
379 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.44 
 
 
400 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  34.16 
 
 
379 aa  123  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  33.02 
 
 
381 aa  123  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  29.67 
 
 
382 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  34.17 
 
 
389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  32.86 
 
 
386 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  32.64 
 
 
366 aa  121  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  29.67 
 
 
382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  30.71 
 
 
379 aa  120  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  32.13 
 
 
385 aa  119  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>